员工离职时删除自己做的程序可能构成违法，具体需根据程序权属、删除行为对公司的影响及协议约定来判断。针对这一问题，以下是我的详细分析和建议：
一. 程序权属判断与处理
若程序属于公司职务成果：
- 员工在工作期间，利用公司资源或按照公司任务要求开发的程序，其知识产权通常归公司所有。员工离职时不得擅自删除。
- 处理建议：与公司沟通，按照公司要求完成工作交接，确保程序的安全和完整。
若程序属于个人所有：
- 员工在业余时间，完全利用个人资源开发的程序，且与公司工作任务无关，其所有权归员工个人。
- 处理建议：虽然所有权归个人，但离职时仍需与公司沟通，确保删除行为不会对公司造成不良影响。若公司有需要，可考虑以合理方式转让或授权使用。
二. 法律责任分析
若删除行为构成侵权：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，擅自删除属于公司的程序，给公司造成损失的，员工需承担侵权责任。
- 处理建议：与公司协商赔偿事宜，或通过法律途径解决纠纷。
若删除行为构成犯罪：
- 如删除程序对公司生产经营造成严重影响，或涉及公司商业秘密等，可能构成刑事犯罪。
- 处理建议：立即停止删除行为，主动向公司说明情况，并积极配合相关调查。
若删除行为构成违约：
- 如员工与公司签订了相关协议，且协议中有禁止删除工作相关内容的约定，员工需承担违约责任。
- 处理建议：按照协议约定承担违约责任，如支付违约金等。
三. 合法离职建议
- 明确权属：离职前与公司明确程序的权属问题，避免后续纠纷。
- 充分沟通：与公司进行充分沟通，了解公司对程序的需求和期望，并按照公司要求完成工作交接。
- 遵守协议：严格遵守与公司签订的相关协议，不得擅自删除或破坏公司的数据或程序。
- 保留证据：离职过程中，保留好与公司沟通的记录、工作交接的凭证等，以备不时之需。
综上所述，员工离职时删除自己做的程序需谨慎对待。建议员工在离职前与公司进行充分沟通，明确程序权属，并按照公司要求完成工作交接。如遇到纠纷或法律问题，应寻求合法途径解决。