结论：烟草公司员工拔掉农民烟秧的行为是否违法，需根据具体情况判断，包括员工是否有合法依据、行为是否符合相关法律规定以及是否侵犯了农民的合法权益等。

1. 员工行为是否有合法依据

• 若员工有合法依据：如果烟草公司与农民之间存在合同关系，且合同中明确规定了烟草公司有权在特定情况下（如品种不符）拔掉烟秧，那么员工的行为可能不构成违法。但即便如此，员工在执行时也应遵循合同约定的程序和方式，确保不侵犯农民的合法权益。
• 若员工无合法依据：如果员工没有合法的合同依据或法律授权，擅自拔掉农民的烟秧，则可能构成违法行为。这种行为可能侵犯了农民的财产权，农民有权要求烟草公司或员工承担相应的法律责任。

2. 行为是否符合相关法律规定

• 农业相关法律法规：根据《中华人民共和国农业法》等相关法律法规，农民对其种植的农作物享有合法的财产权。任何单位或个人不得非法侵占、毁坏农民的农作物。因此，如果员工的行为违反了这些规定，就可能构成违法。
• 土地管理法律法规：如果拔掉烟秧的行为还涉及土地使用问题，如未经允许在农民土地上作业等，那么还可能违反《中华人民共和国土地管理法》等相关法律法规。

3. 是否侵犯了农民的合法权益

• 财产权：农民对其种植的烟秧享有财产权，包括占有、使用、收益和处分的权利。员工擅自拔掉烟秧，无疑侵犯了农民的财产权。
• 其他权益：如果员工的行为还导致了农民其他权益的受损，如因烟秧被拔而导致的收入减少、精神损害等，农民也有权要求相应的赔偿。

法律建议：

• 对于农民：如果认为烟草公司员工的行为侵犯了自己的合法权益，可以收集相关证据（如现场照片、视频、证人证言等），向当地农业部门或土地管理部门投诉，也可以直接向人民法院提起诉讼，要求烟草公司或员工承担相应的法律责任。
• 对于烟草公司：应加强对员工的管理和培训，确保员工在执行任务时遵守相关法律法规和合同约定。如果员工的行为确实存在问题，应及时采取措施进行纠正，并承担相应的法律责任。

可能后果：

• 民事责任：如果员工的行为构成侵权，烟草公司或员工可能需要承担民事赔偿责任，包括赔偿农民的损失、恢复原状等。
• 行政责任：如果员工的行为违反了相关行政法规，烟草公司或员工还可能面临行政处罚，如罚款、没收违法所得等。
• 刑事责任：在极端情况下，如果员工的行为构成犯罪（如故意毁坏财物罪等），还可能面临刑事责任的追究。

综上所述，烟草公司员工拔掉农民烟秧的行为是否违法，需根据具体情况判断。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。