结论：烟草公司员工拔掉农民烟秧云烟90的行为是否违法，需根据具体情况判断，包括是否有合法依据、是否造成农民损失及损失程度等。以下从不同角度进行分析：

1. 从土地使用权和种植权角度

   • 若农民依法获得了土地的使用权，并有权在该土地上种植特定作物（如云烟90），那么烟草公司员工未经农民同意，擅自拔掉烟秧，可能构成对农民土地使用权和种植权的侵犯。这种行为可能违反了《中华人民共和国民法典》中关于物权保护的相关规定，农民有权要求烟草公司员工停止侵害、恢复原状或赔偿损失。

2. 从合同或协议角度

   • 如果农民与烟草公司之间存在种植合同或协议，且合同中明确规定了种植品种、种植面积、收购价格等条款，那么烟草公司员工拔掉烟秧的行为可能构成违约。农民可以根据合同条款要求烟草公司承担违约责任，包括赔偿因违约造成的损失。
   • 反之，如果合同或协议中明确规定了烟草公司有权在特定情况下拔掉不符合要求的烟秧，且农民在签订合同时已知悉并同意这一条款，那么烟草公司员工的行为可能不构成违法。但即便如此，烟草公司也应确保拔掉烟秧的行为符合合同约定，并尽量减少对农民的损失。

3. 从行政管理和行业规范角度

   • 烟草行业可能受到特定的行政管理和行业规范约束。如果烟草公司员工拔掉烟秧的行为是基于行业规范或行政管理要求，且这些要求具有合法性和合理性，那么该行为可能不构成违法。但烟草公司应确保这些要求已经通过合法途径告知农民，并给予农民合理的调整期限。
   • 如果烟草公司员工的行为超出了行业规范或行政管理要求的范围，或者这些要求本身不合法、不合理，那么该行为可能构成违法，农民有权向相关部门投诉或寻求法律救济。

4. 从损失赔偿角度

   • 无论烟草公司员工的行为是否构成违法，如果其行为导致了农民的经济损失（如烟秧成本、预期收益等），农民都有权要求烟草公司进行赔偿。赔偿的范围和金额应根据实际损失情况确定，并可以通过协商、调解或诉讼等方式解决。

建议：

• 农民在遇到此类情况时，应首先保留好相关证据（如照片、视频、合同、协议等），以便在后续维权过程中使用。
• 农民可以尝试与烟草公司进行沟通协商，寻求妥善解决方案。如果协商无果，可以向当地农业部门、烟草专卖局或司法机关投诉或寻求法律帮助。
• 烟草公司应加强对员工的管理和培训，确保员工在行使职权时遵守法律法规和行业规范，尊重农民的合法权益。

如有更多细节或疑问，欢迎直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。