在工程建设不符合相关法规的情况下，监理应当根据具体情况发出相应的指令，主要包括以下几种：
整改通知：
- 当监理发现工程建设存在不符合法规、设计文件、施工规范或合同约定的情况时，应首先向施工单位发出整改通知。
- 整改通知应明确指出存在的问题、整改的要求和期限，并要求施工单位在规定时间内完成整改并回复监理。
停工指令：
- 如果工程建设中的违规行为严重，可能危及工程质量、安全或造成重大损失时，监理有权发出停工指令。
- 停工指令应明确停工的原因、范围、期限以及复工的条件，并要求施工单位立即停止相关作业，采取必要措施消除隐患。
报告业主或相关部门：
- 在发出整改通知或停工指令后，如果施工单位未按要求进行整改或继续违规施工，监理应及时向业主报告，并视情况向建设行政主管部门或其他相关部门报告。
- 报告内容应包括违规事实、已采取的措施、建议的处理意见等，以便业主或相关部门及时采取措施，防止事态扩大。
法律背景与建议：
- 根据《建设工程质量管理条例》、《建设工程安全生产管理条例》等相关法律法规，监理在工程建设中承担着重要的监督职责，有权对违规行为进行制止并要求整改。
- 监理在发出指令时，应确保指令的合法性和合理性，避免滥用职权或侵犯施工单位的合法权益。
- 施工单位在收到监理指令后，应认真对待，及时整改并回复监理，以免因违规行为而承担法律责任。
可能后果：
- 如果施工单位未按监理指令进行整改或继续违规施工，可能面临行政处罚、经济赔偿甚至刑事责任等法律后果。
- 同时，违规行为也可能对工程质量、安全造成严重影响，损害业主和社会公众的利益。
实际操作中的注意事项：
- 监理在发出指令前，应充分调查了解情况，确保指令的准确性和针对性。
- 指令应以书面形式发出，并保留好相关证据，以便在需要时进行证明。
- 在与施工单位沟通时，应保持客观公正的态度，避免情绪化或偏激的言辞。
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