结论前置：逾期付款违约金约定每日万分之五是否合法，需结合具体合同类型、实际损失情况、法律法规的强制性规定以及合同双方的自愿性等多种因素综合判断。在一般情况下，如果该约定是双方真实意思表示，且没有违反法律法规的强制性规定，该约定通常是合法有效的。
一、合法性分析
合同双方的自愿性：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人可以约定一方违约时应当支付的违约金数额或计算方法。因此，如果合同双方在平等、自愿的基础上约定了逾期付款违约金为每日万分之五，且该约定不违反法律法规的强制性规定，也不损害国家、集体或第三人的利益，则该约定合法有效。
实际损失情况：
- 法院在判断违约金是否过高时，会综合考虑合同的履行情况、当事人的过错程度、预期利益以及实际损失等因素。如果违约金的数额超过了实际损失的30%，则可能被视为过高。然而，每日万分之五的违约金比例（换算成年利率约为18.25%）并不必然导致违约金过高，这取决于合同金额、违约期限及实际损失等具体情况。例如，在一些商业合同中，由于交易金额较大且违约可能带来的损失也较大，因此双方约定较高的违约金比例可能是合理的。
法律法规的强制性规定：
- 在某些特殊领域，如金融借款合同中，违约金与利息、复利等总计不能超过合同成立时一年期贷款市场报价利率（LPR）的四倍。若每日万分之五的违约金与其他费用合计超过此标准，超出部分可能不会得到法院的支持。但在一般的民事合同关系中，这一限制通常不适用。
二、特殊情况分析
一般民事合同领域：
- 在一般的民事合同关系中，每日万分之五的违约金比例通常被认为是合理的，只要该约定是双方真实意思表示，且不存在欺诈、胁迫等导致合同可撤销的情形。例如，在买卖合同中，如果买方逾期付款给卖方造成了损失，双方约定每日万分之五的违约金比例可能是为了弥补卖方的资金占用损失和可能的交易机会损失。
金融借款合同等特殊领域：
- 在金融借款合同纠纷中，需特别注意违约金与其他费用（如利息、复利）的总和不得超过合同成立时一年期LPR的四倍。例如，若合同成立时一年期LPR为3.7%，则四倍为14.8%，此时每日万分之五的违约金比例（即年利率18.25%）超出部分可能不会得到法院的全部支持。因此，在金融借款合同中约定违约金时，需要特别谨慎并考虑相关法律法规的限制。
违约金过高或过低的调整：
- 如果每日万分之五的违约金比例导致违约金过高，给违约方造成了不合理的负担，违约方可以请求法院适当减少。反之，如果约定的违约金过低，不足以弥补守约方的损失，守约方也可以请求法院增加违约金。法院在调整违约金时，会综合考虑多种因素，包括实际损失、合同履行情况、当事人过错程度等。
三、建议与总结
合理约定违约金：
- 在签订合同时，双方应充分考虑实际损失情况、合同类型及法律法规的要求，合理约定违约金比例或数额。避免约定过高或过低的违约金，以减少后续纠纷的发生。
及时寻求法律帮助：
- 如果发生逾期付款的情况，双方应首先尝试通过友好协商解决纠纷。协商不成时，守约方可依据合同约定或法律规定向法院或仲裁机构提起诉讼或仲裁请求，以维护自身合法权益。在此过程中，建议及时咨询专业律师以获取更具体的法律建议。
综上所述，逾期付款违约金约定每日万分之五是否合法需根据具体合同及相关法律规定来确定。在签订合同时，双方应谨慎约定违约金条款，并在发生纠纷时及时寻求法律途径解决。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。