当检察院以证据不足退回两次时，通常意味着案件在证据收集或犯罪事实认定上存在严重问题，此时检察院将依法作出不起诉决定。以下是对这一问题的详细分析：
一、法律规定与原则
根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十五条第三款的规定：“对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。”这一条款明确了在证据不足情况下，检察院应如何处理案件的基本原则，即“疑罪从无”，旨在保护犯罪嫌疑人的合法权益，防止错误追诉。
二、具体处理步骤与后果
补充侦查：
- 检察院在审查案件时，若认为证据不足，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。但补充侦查以二次为限，每次补充侦查应当在一个月以内完成。
- 公安机关在接到检察院退回的案件后，应立即进行补充侦查，力求收集到足够的证据材料以满足起诉条件。若经过两次补充侦查仍无法提供充分证据，案件将不再被退回进行第三次补充侦查。
不起诉决定：
- 若经过两次补充侦查后，检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件，则应当依法作出不起诉决定。
- 不起诉决定书会明确说明不起诉的理由和依据，并送达给公安机关、被害人及其诉讼代理人等相关人员。
对被不起诉人的处理：
- 一旦检察院作出不起诉决定，若犯罪嫌疑人在侦查或审查起诉阶段被采取了强制措施（如拘留、逮捕等），应立即解除这些强制措施，恢复其人身自由。
- 对于未成年人犯罪案件，若检察院作出不起诉决定，还应按照法律规定对相关犯罪记录予以封存，以保护未成年人的隐私和未来发展。
三、后续程序监督与救济
公安机关的异议与复议复核：
- 公安机关若认为检察院的不起诉决定有错误，可以要求复议；若意见不被接受，还可向上一级人民检察院提请复核，以确保司法决定的公正性和准确性。
被害人的申诉：
- 被害人对检察院的不起诉决定不服的，可在收到决定书后七日以内向上一级人民检察院申诉，请求提起公诉。人民检察院应将复查决定告知被害人，以保障其合法权益。
四、特殊情况下的处理
- 新证据出现：如果在作出不起诉决定后，发现了新的证据，且这些证据足以证明犯罪嫌疑人有罪，检察院可以重新立案侦查或提起公诉。
- 其他机关介入：在某些情况下，如涉及国家工作人员职务犯罪等，监察机关可能会介入调查，并根据调查结果决定是否移送检察院审查起诉。
五、建议与注意事项
- 密切关注案件进展：对于犯罪嫌疑人及其辩护人而言，应密切关注案件的后续发展，了解公安机关是否会再次补充侦查以及检察院的最终处理决定。如有需要，可通过法律途径积极维护自己的权益。
- 确保司法公正与合法权益：在整个过程中，应确保司法公正和法律的正确实施，维护当事人的合法权益。同时，各方也应依法行使权利并履行义务以确保司法的公正与效率。
综上所述，当检察院以证据不足退回两次时，通常意味着案件将依法作出不起诉决定。但各方仍需根据具体情况采取相应的措施来应对，并密切关注案件的后续发展。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。