《城乡规划法》第六十三条、六十四条能够适用于农村自建房的规划管理，但具体适用需结合房屋性质、建设行为及地方性法规综合判断。以下从法律适用范围、条款内容及实践角度展开分析：

一、法律适用范围：农村自建房属于城乡规划管理范畴

根据《城乡规划法》第二条，该法适用于“城市、镇规划区内”及“乡、村庄规划区内”的建设活动。农村自建房若位于乡、村庄规划区内，其规划管理（如选址、层高、面积等）需遵守该法；即使未编制村庄规划，建设行为仍需符合土地利用总体规划和城乡规划的基本要求（如不得占用永久基本农田）。

二、第六十三条、六十四条的具体适用场景

1. 第六十三条：针对“未取得建设工程规划许可证”的建设行为

   • 若农村自建房未依法取得乡村建设规划许可证（或建设工程规划许可证，部分地区对农村住房有特殊规定），且无法采取改正措施消除对规划实施的影响（如占用道路、公共设施用地等），县级以上城乡规划主管部门可责令限期拆除。
     
   • 例外情形：若房屋符合村庄规划或经补办手续可完善合规性，可能仅需罚款或限期改正（需结合地方性法规判断）。

2. 第六十四条：针对“未按照建设工程规划许可证规定建设”的行为

   • 若农村自建房虽取得许可证，但擅自变更层高、面积或位置等，且无法通过改正消除影响（如影响相邻采光、通风），城乡规划主管部门可责令限期拆除；若影响较小，可处建设工程造价5%-10%的罚款。
     
   • 实践重点：农村自建房的“改正可能性”需结合当地规划严格程度判断，部分地区对历史遗留问题可能采取柔性处理。

三、农村自建房的特殊规定与地方性法规影响

1. 乡村建设规划许可证制度
   根据《城乡规划法》第四十一条，农村村民在乡、村庄规划区内自建住宅，需向乡镇政府申请乡村建设规划许可证。若未取得该证，可能直接适用第六十三条或六十四条。

2. 地方性法规的补充规定
   部分省份（如浙江、广东）出台了农村住房建设管理办法，对自建房的面积、层高、风貌等作出细化规定。若地方性法规与《城乡规划法》冲突，优先适用上位法；若地方性法规更严格（如限制层高），则需同时遵守。

四、实务建议：农村自建房的合规要点

1. 建设前：确认土地性质（是否为宅基地）、是否位于规划区内，并依法申请乡村建设规划许可证；
   
2. 建设中：严格按许可证内容施工，避免擅自加层或扩建；
   
3. 争议处理：若收到限期拆除通知，可主张房屋符合村庄规划或申请补办手续，必要时通过行政复议或诉讼维权。

总结：农村自建房的规划管理受《城乡规划法》约束，第六十三条、六十四条的适用需结合房屋合规性、地方性法规及规划影响程度综合判断。若您面临具体规划纠纷（如限期拆除、罚款），可进一步提供房屋位置、建设时间、许可证情况等信息，我将为您分析应对策略。