结论：行政机关没有及时立案，多年后是否还能处罚，这主要取决于是否超过了法定的追诉时效期限。如果未超过，则行政机关仍可进行处罚；如果已超过，则行政机关一般不得再进行处罚，但特定情形下可能存在例外。

分析：

1. 追诉时效期限：

   • 根据《中华人民共和国行政处罚法》第三十六条：“违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚；涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，上述期限延长至五年。法律另有规定的除外。” 这意味着，对于一般的违法行为，如果行政机关在二年内未发现，则不得再给予行政处罚；对于涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的违法行为，期限延长至五年。
   • 如果违法行为处于连续或者继续状态的，从行为终了之日起计算追诉时效期限。

2. 未超过追诉时效的情形：

   • 如果行政机关在追诉时效期限内发现了违法行为，即使未及时立案，只要后续在追诉时效期限内进行了立案和处罚程序，仍然是合法的。
   • 例如，某违法行为发生在2020年1月1日，行政机关在2021年12月31日前发现了该行为，即使未立即立案，但在2022年1月1日前（假设为一般违法行为，追诉时效为二年）进行了立案和处罚，这是合法的。

3. 超过追诉时效的情形：

   • 如果行政机关在追诉时效期限届满后才发现违法行为，或者虽然发现了但未在追诉时效期限内进行立案和处罚程序，则一般不得再进行处罚。
   • 例如，某违法行为发生在2020年1月1日，为一般违法行为，行政机关在2023年1月1日后才发现该行为，此时已超过二年的追诉时效期限，行政机关不得再进行处罚。

4. 特定情形下的例外：

   • 虽然一般情况下超过追诉时效期限不得再进行处罚，但法律也规定了某些特定情形下的例外。例如，如果违法行为涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果，且法律另有规定延长追诉时效期限的，则可能不受二年或五年的限制。
   • 此外，如果违法行为人在追诉时效期限内逃避行政处罚，或者存在其他特殊情况导致行政机关无法及时立案和处罚的，也可能根据具体情况进行例外处理。但这种情况需要严格的法律程序和证据支持。

建议：

• 如果您或他人面临行政机关未及时立案多年后欲进行处罚的情况，建议首先核实该违法行为是否超过了法定的追诉时效期限。
• 如果未超过追诉时效期限，且行政机关的处罚程序合法合规，则应配合行政机关的处理；如果认为处罚不当或存在其他问题，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼。
• 如果已超过追诉时效期限，且不存在特定情形下的例外情况，则可以依法向行政机关提出异议，要求其不得再进行处罚。

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