核心结论：员工占用公司资金不上交属于违法行为，公司可通过内部处理、协商解决、法律途径等方式追回资金并追究责任，具体如下：

1. 内部处理与调查
   公司应首先启动内部调查程序，核实资金占用的具体事实（如金额、时间、方式等），并固定相关证据（如财务记录、转账凭证、员工签字文件等）。若员工行为涉嫌违反公司规章制度（如《员工手册》中关于“侵占公司财产”的条款），公司可依据制度对其作出警告、扣薪、解雇等处分。
   注意：内部处理需确保程序合法（如提前告知员工调查事项、允许其申辩），避免因程序瑕疵引发劳动争议。

2. 协商与催告
   在证据充分的情况下，公司可与员工协商，要求其限期返还资金并签署书面还款协议。若员工配合，可约定分期还款、利息计算等条款；若员工拒绝，公司应通过书面形式（如律师函）正式催告，明确法律后果（如追究刑事责任、民事赔偿等），施加心理压力。

3. 民事诉讼追偿
   若协商无果，公司可向法院提起民事诉讼，主张员工构成“不当得利”或“侵权”，要求返还资金并赔偿损失（如利息、维权成本等）。
   关键点：

   • 需证明资金归属公司（如财务记录、合同约定）；
     
   • 需证明员工无合法依据占有资金（如未履行报销流程、私自转账）；
     
   • 诉讼时效为3年，自公司知道或应当知道权利受损之日起计算。

4. 刑事报案（若涉嫌犯罪）
   若员工占用资金数额较大（通常为6万元以上，具体以地区标准为准）或存在伪造文件、虚构事实等情节，可能构成《刑法》中的“职务侵占罪”或“诈骗罪”。公司应向公安机关报案，由警方立案侦查。
   后果：若罪名成立，员工可能面临有期徒刑、罚金，且需退赔全部损失。

5. 劳动仲裁（若涉及劳动关系）
   若员工行为同时违反劳动合同（如“忠诚义务”条款），公司可申请劳动仲裁，主张解除劳动合同并要求员工赔偿损失。但需注意，劳动仲裁的赔偿范围通常限于“直接经济损失”，且公司需证明损失与员工行为的因果关系。

建议行动步骤：

1. 立即固定证据（财务记录、沟通记录等）；
   
2. 发送书面催告函，明确还款期限；
   
3. 根据金额和情节，选择民事诉讼或刑事报案；
   
4. 同步审查公司内部管理漏洞（如审批流程、财务监督），避免再次发生。
   

如有进一步细节（如资金性质、员工职位、占用方式等），可向我补充说明，我会提供更具体的方案。