结论：劳务合同中甲方扣质保金是否合法，需分情况讨论，主要取决于合同性质、行业惯例及双方约定是否符合法律规定。

1. 若合同性质为劳务合同（非建设工程合同），且无明确法律依据或行业惯例支持，甲方扣质保金可能不合法
   根据《民法典》合同编，劳务合同双方权利义务由约定产生，但法律未明确规定劳务合同可设质保金。若合同中未明确约定质保金条款（如金额、扣留期限、返还条件等），或约定违反公平原则（如扣留比例过高、期限过长），甲方单方扣留可能构成违约，乙方有权要求返还并主张赔偿。
   例外：若双方自愿协商一致，且质保金条款不违反法律强制性规定（如未超过合理范围），可能被认定为有效，但需注意举证责任在主张合法性的一方。

2. 若合同性质为建设工程合同（或类似需质量保证的合同），且符合行业惯例及法律规定，甲方扣质保金可能合法
   根据《建设工程质量保证金管理办法》，建设工程合同中可约定质保金（通常为工程价款结算总额的3%），用于保修期内维修责任。此时需满足：

   • 合同明确约定质保金比例、扣留方式及返还条件；
     
   • 质保金总额不超过法定上限；
     
   • 保修期届满后，甲方应按约定返还剩余款项。
     注意：若甲方无正当理由超期扣留或超额扣留，乙方可依据合同及法律规定追偿。

3. 若合同中质保金条款显失公平或存在欺诈、胁迫，乙方可主张撤销条款
   根据《民法典》第151条，若质保金条款导致双方权利义务明显失衡（如乙方需承担过高质量风险，而甲方几乎无对应义务），乙方可在知道撤销事由之日起1年内向法院或仲裁机构申请撤销，要求返还扣留款项。

建议行动：

• 核查合同性质及具体条款，确认是否属于可设质保金的合同类型；
  
• 检查质保金比例、扣留期限是否符合行业惯例或法律规定；
  
• 若甲方扣留行为无合法依据，可先协商要求返还，协商不成可向劳动监察部门投诉或提起诉讼/仲裁。
  

如有进一步细节（如合同类型、质保金条款内容等），可向我补充说明，以便更精准分析。