结论：在合同中约定由分公司收款是可行的，但需满足一定条件并注意相关法律风险。以下从不同角度为您详细分析：

一、合同主体与收款主体的关系

1. 合同主体与收款主体可以不同：

   • 合同是双方或多方之间设立、变更、终止民事关系的协议，合同主体是签订合同的各方当事人。而收款主体，即实际接收合同款项的一方，并不必然与合同主体相同。
   • 在商业实践中，由于总公司与分公司之间的特殊关系（分公司是总公司的分支机构，不具有独立的法人资格），总公司作为合同主体，在合同中约定由分公司收款是常见的做法。

2. 需确保分公司有权收款：

   • 虽然合同主体与收款主体可以不同，但必须确保分公司有权代表总公司接收款项。这通常需要在合同中明确约定，或者通过总公司的授权文件来确认。
   • 如果分公司未经总公司授权擅自收款，可能会引发法律纠纷，甚至导致合同无效或被撤销。

二、合同中的约定方式

1. 明确约定收款主体：

   • 在合同中应明确写明“本合同项下的款项由XX分公司收取”，并注明分公司的名称、地址、联系方式等信息。
   • 同时，可以附上总公司的授权文件或相关证明，以证明分公司有权收款。

2. 约定收款账户信息：

   • 除了明确收款主体外，还应在合同中约定具体的收款账户信息，包括账户名称、账号、开户行等。
   • 这有助于确保款项能够准确、及时地到达指定账户，避免因账户信息错误或模糊而导致的纠纷。

三、法律风险与防范

1. 分公司无独立法人资格的风险：

   • 分公司作为总公司的分支机构，不具有独立的法人资格，其民事责任由总公司承担。
   • 因此，如果分公司收款后出现违约或违法行为，总公司可能需要承担相应的法律责任。

2. 防范措施：

   • 总公司应加强对分公司的管理和监督，确保分公司按照合同约定和法律规定行事。
   • 在合同中明确约定违约责任和争议解决方式，以便在出现纠纷时能够及时、有效地维护自身权益。
   • 考虑在合同中设置担保条款或要求分公司提供担保，以增加合同履行的保障。

四、实际操作建议

1. 在签订合同前进行充分沟通：

   • 与合同相对方就收款主体、账户信息等关键条款进行充分沟通，确保双方对合同内容有清晰、一致的理解。

2. 保留相关证据：

   • 保留好合同文本、授权文件、收款凭证等相关证据，以便在出现纠纷时能够证明自己的权益。

3. 及时咨询专业律师：

   • 如果在合同签订或履行过程中遇到任何法律问题或疑虑，应及时咨询专业律师，以获取专业的法律意见和建议。

总结：在合同中约定由分公司收款是可行的，但需确保分公司有权收款，并在合同中明确约定收款主体、账户信息等关键条款。同时，总公司应加强对分公司的管理和监督，防范法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。