结论：女员工在孕期严重违反公司纪律，公司是可以解除劳动合同的，但必须满足一定的条件和程序。
法律背景与解释：
孕期女员工的特殊保护：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，孕期女员工享有特殊的劳动保护，用人单位不得因女员工怀孕而解除劳动合同，这是为了保障女员工的合法权益和母婴健康。
严重违反公司纪律的例外情况：
- 然而，这种保护并非绝对。如果孕期女员工严重违反公司纪律，如严重失职、营私舞弊给公司造成重大损害，或者严重违反用人单位的规章制度等，公司是有权解除劳动合同的。
- 这里的“严重违反”需要达到一定的程度，通常指的是违反行为性质恶劣、后果严重，且经过公司规章制度明确规定或经过合法程序认定。
解除劳动合同的程序要求：
- 公司在解除与孕期女员工的劳动合同时，必须遵循严格的程序要求。这包括但不限于：事先将理由通知工会、听取工会或职工的意见、将处理结果书面通知员工等。
- 如果公司未按照法定程序解除劳动合同，即使女员工确实存在严重违反纪律的行为，公司也可能面临违法解除劳动合同的法律风险。
法律建议：
对于公司：
- 在处理孕期女员工严重违反纪律的情况时，公司应首先确保自己的规章制度合法有效，并明确规定了哪些行为构成严重违反纪律。
- 在解除劳动合同前，公司应充分收集证据，证明女员工确实存在严重违反纪律的行为，并按照法定程序进行解除。
- 如果可能的话，公司可以寻求专业法律意见，以确保自己的行为合法合规。
对于孕期女员工：
- 如果孕期女员工认为自己并未严重违反公司纪律，或者公司解除劳动合同的程序不合法，她可以依法维护自己的权益。
- 这包括向劳动争议调解委员会申请调解、向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或者向人民法院提起诉讼等。
可能的法律后果：
- 如果公司合法解除与孕期女员工的劳动合同，那么双方之间的劳动关系将终止，公司无需承担违法解除的法律责任。
- 如果公司违法解除与孕期女员工的劳动合同，那么女员工有权要求公司继续履行劳动合同或者支付赔偿金等。
举例说明：
假设某公司有一名孕期女员工，因多次旷工且严重违反公司的工作纪律，给公司造成了重大损失。公司在收集了充分证据后，按照法定程序解除了与该女员工的劳动合同。在这种情况下，公司的行为是合法的，因为女员工确实存在严重违反纪律的行为，且公司遵循了法定程序。
总之，女员工在孕期严重违反公司纪律时，公司是可以解除劳动合同的，但必须满足一定的条件和程序。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。