结论：合同上公司未盖章，但公司支付了货款，合同是否有效需根据具体情况判断。如果公司支付货款的行为构成对合同主要义务的履行，且对方接受了这一履行，那么合同通常被视为有效；反之，则可能无效或效力待定。以下是对此问题的详细分析：
一、合同成立与生效的基本原则
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。然而，法律也规定了例外情形，即在签名、盖章或者按指印之前，当事人一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。这一规定体现了法律对实际履行行为的认可，也体现了合同自由与公平原则的结合。
二、公司支付货款行为对合同效力的影响
公司支付货款构成主要义务履行：
- 如果公司支付货款的行为是按照合同约定履行其主要义务，且对方接受了这一履行，那么根据《民法典》的相关规定，该合同是有效的。例如，在货物买卖合同中，买方支付货款是其主要义务之一，如果买方已经支付了货款，且卖方接受了这一支付并准备发货，那么即使合同上买方未盖章，该买卖合同也已经成立并生效。
公司支付货款不构成主要义务履行或存在争议：
- 如果公司支付货款的行为并不构成对合同主要义务的履行，或者虽然支付了货款但双方对合同的主要条款还存在争议、未达成一致，那么合同可能并未成立或生效。例如，公司仅仅是预先支付了一笔意向金或定金，而合同的关键条款如货物数量、交付时间、质量标准等还在商讨中，此时不能认定合同已经有效成立。
三、其他影响合同有效性的因素
除了上述公司支付货款的行为外，合同的有效性还可能受到以下因素的影响：
当事人的民事行为能力：
- 如果合同的一方或双方不具备完全的民事行为能力，那么合同可能无效或可撤销。例如，如果公司是在无权代表或超越权限的情况下签订的合同，且对方知道或应当知道这一情况，那么该合同可能无效。
合同内容是否合法：
- 如果合同的内容违反了法律法规的强制性规定或公序良俗，那么该合同将被认定为无效。例如，如果合同中约定的货物是违禁品或存在其他违法情形，那么该合同将无效。
意思表示是否真实：
- 如果合同的一方在签订合同时存在欺诈、胁迫等情形，导致意思表示不真实，那么该合同也可能被认定为无效或可撤销。例如，如果公司是在被欺诈或胁迫的情况下签订的合同，且能够证明这一情况，那么该合同可能无效或可撤销。
四、建议与措施
保留相关证据：
- 无论合同是否有效，双方都应保留好与合同相关的所有证据，包括合同文本、付款凭证、沟通记录等。这些证据在后续可能发生的纠纷中将起到至关重要的作用。
协商解决：
- 如果双方对合同的效力存在争议，建议首先通过协商的方式解决。通过友好沟通，双方可以更好地理解彼此的需求和立场，从而找到解决问题的最佳方案。
寻求法律帮助：
- 如果协商无果或争议复杂，建议寻求专业的法律帮助。作为专业律师，我可以根据具体情况提供针对性的法律建议和解决方案，帮助双方维护自己的合法权益。
最后，合同上公司未盖章但公司支付了货款的情况下，合同是否有效需根据具体情况判断。如果双方对此存在争议或无法达成一致，建议及时寻求法律帮助以维护自己的合法权益。如果你有任何法律问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。