结论：合同约定盖章后生效，但实际只有签字没有盖章时，合同是否有效需结合具体情况判断。一般而言，若签字行为符合法律规定且能体现双方真实意思表示，合同仍可能有效。以下从不同角度详细分析：

一、法律基础与效力认定原则

根据《中华人民共和国民法典》第四百九十条的规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。这表明，“签字、盖章”在法律上是选择关系，任何一项的完成都足以使合同成立。依法成立的合同，自成立时即产生法律效力，除非存在特别约定或法律法规另有规定。

二、签字行为的法律效力

1. 签字作为意思表示：签字是当事人对合同内容表示认可并愿意受其约束的一种方式。在合同中，签字通常被视为当事人真实意思的表示，具有法律效力。

2. 签字与盖章的等效性：在法律上，签字和盖章具有同等的法律效力。因此，即使合同中约定盖章后生效，但实际只有签字没有盖章，只要签字行为符合法律规定，合同仍可能有效。

三、不同情形下的有效性判定

1. 自然人主体情形：

   • 有效情形：个人以签字代替盖章，若该签字真实且能体现签字人的真实意思表示，合同有效。例如，个人在借款合同上签字确认借款事实。
   • 无效情形：签字非本人所为或签字时存在欺诈、胁迫等情形，导致签字不能体现真实意思表示，合同无效。

2. 法人/非法人组织情形：

   • 有效情形：
     • 法定代表人签字：法人或其他组织的法定代表人签字，代表法人或组织的意志，合同有效。
     • 授权代表签字：经法人或组织授权的代表签字，且授权范围明确，合同有效。
   • 无效情形：
     • 越权签字：代表未经授权或超越授权范围签字，且相对人知道或应当知道该情形的，合同无效。
     • 签字主体不适格：如非法定代表人或授权代表签字，且无法证明签字行为代表法人或组织的意志，合同可能无效。

四、特殊情形的效力补正机制

1. 事后追认：若合同未同时满足盖章和签字条件，但一方已经履行了合同的主要义务，且对方已接受，根据《民法典》的规定，该合同仍被视为成立并生效。此外，未签字方可通过实际履行（如支付货款）、另行书面确认等方式追认合同效力。

2. 证据链补强：当签字真实性存疑时，可通过以下证据证明效力：

   • 双方往来邮件、短信等确认合同内容。
   • 履约过程中的付款记录、交货凭证等。
   • 其他能证明合同实际履行的证据。

五、风险防范建议

1. 明确约定生效条件：在签订合同时，双方应明确约定生效条件，包括是否需要同时签字和盖章等，以避免后续争议。

2. 核对签字主体资格：在签订合同时，应核对签字主体的身份和资格，确保签字行为代表其真实意思表示。

3. 保存完整证据链：在合同履行过程中，应保存完整的证据链，包括合同文本、往来邮件、付款记录等，以证明合同的实际履行情况。

总结：合同约定盖章后生效，但实际只有签字没有盖章时，合同是否有效需结合具体情况判断。在签订合同时，建议双方明确约定生效条件，并核对签字主体的身份和资格。在合同履行过程中，应保存完整的证据链以证明合同的实际履行情况。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。