结论：在建设工程施工合同无效且工程未开工的情况下，保证金返还的诉讼时效问题，主要取决于保证金的性质以及合同无效后的法律后果。一般来说，诉讼时效可能从合同被确认无效之日起计算，或者从当事人知道或应当知道合同无效之日起计算，具体为三年。但需注意，若涉及返还财产等请求权，可能适用不同的时效规定或存在时效中断、中止等情形。
分析：
合同无效的法律后果：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，无效的合同自始没有法律约束力。因此，如果建设工程施工合同被确认无效，那么基于该合同收取的保证金也应当予以返还。
保证金的性质：
- 保证金通常是为了确保合同的履行而由一方支付给另一方的款项。在合同无效的情况下，保证金作为合同履行的一种担保，其返还应当受到法律保护。
诉讼时效的起算点：
- 一般规定：根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。
- 合同无效的特殊情形：在合同无效的情况下，诉讼时效可能从合同被确认无效之日起计算，或者从当事人知道或应当知道合同无效之日起计算。这是因为，在合同被确认无效之前，当事人可能并不知道其权利已经受到损害。
- 返还财产的请求权：如果保证金被视为合同无效后应当返还的财产，那么其返还请求权可能受到《中华人民共和国民法典》中关于返还财产请求权时效规定的影响。但通常，返还财产的请求权也会受到三年诉讼时效的限制，除非存在其他特殊规定。
诉讼时效的中断与中止：
- 在诉讼时效期间内，如果发生法定事由（如当事人提出请求、义务人同意履行义务等），可能导致诉讼时效的中断。中断后，诉讼时效期间重新计算。
- 如果因不可抗力或其他障碍不能行使请求权，诉讼时效可能中止。中止的原因消除后，诉讼时效期间继续计算。
建议：
- 及时主张权利：在发现合同无效或应当知道合同无效后，应及时向对方主张保证金的返还，以避免诉讼时效的过期。
- 保留证据：保留与保证金支付、合同无效相关的所有证据，以便在需要时证明自己的权利。
- 咨询专业律师：如果对于诉讼时效的计算或保证金的返还存在疑问，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议。
示例：
假设甲公司与乙公司签订了一份建设工程施工合同，并支付了保证金。后因合同违法被确认无效，但工程并未开工。此时，甲公司有权要求乙公司返还保证金。如果甲公司在合同被确认无效后一年内未向乙公司主张返还，且在此期间未发生诉讼时效中断或中止的情形，那么甲公司仍可在剩余的两年诉讼时效期间内向乙公司主张权利。但为了确保自身权益，甲公司应尽早主张返还并咨询专业律师。