关于行政协议中约定投资企业未达到税收要求则不退还保证金是否合法的问题，这主要取决于协议的具体内容、相关法律法规以及公平原则等。以下从几个角度进行分析：
协议内容的合法性审查：
- 首先，需要审查行政协议的具体条款，特别是关于保证金退还的条件和方式。如果协议中明确约定了“投资企业未达到税收要求则不退还保证金”，这一条款本身并不直接违反法律法规的强制性规定，但其合法性还需结合其他因素综合判断。
- 关键在于，该条款是否构成了对投资企业的不合理限制或剥夺了其合法权益。如果税收要求过高或保证金退还条件过于苛刻，可能被视为显失公平，从而影响条款的合法性。
相关法律法规的考量：
- 根据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规，合同（包括行政协议）的内容应当遵循公平、诚实信用等原则。如果保证金退还条款违反了这些原则，可能被认定为无效或可撤销。
- 此外，还需要考虑是否有其他专门法律法规对行政协议中的保证金退还问题作出了具体规定。如果有，则应当遵循这些专门规定。
公平原则的应用：
- 公平原则是民事法律活动的基本原则之一。在行政协议中，如果保证金退还条款明显偏向一方（如行政机关），而给另一方（如投资企业）造成不合理的负担或损失，那么该条款可能因违反公平原则而被认定为无效。
- 例如，如果税收要求远高于行业平均水平或当地税收政策，而保证金金额又相对较大，那么这种约定可能被视为不公平。
实际履行中的考量：
- 在实际履行过程中，如果投资企业确实因不可抗力或其他合理原因未能达到税收要求，而行政机关仍坚持不退还保证金，那么这种做法可能缺乏合理性和合法性。
- 此时，投资企业可以通过法律途径寻求救济，如提起行政诉讼或申请行政复议等。
法律建议：
- 对于投资企业而言，在签订行政协议前应仔细审查协议条款，特别是关于保证金退还的部分。如果认为条款存在不公平或不合理之处，应及时与行政机关协商修改或寻求法律帮助。
- 如果已经签订了含有此类条款的行政协议，且在实际履行过程中遇到了问题，投资企业可以咨询专业律师，了解自己的权利和义务，并考虑通过法律途径维护自己的合法权益。
可能后果：
- 如果行政协议中的保证金退还条款被认定为无效或可撤销，那么行政机关可能需要退还已收取的保证金给投资企业。
- 如果投资企业因未达到税收要求而面临行政处罚或其他不利后果，且这些后果与保证金退还条款无直接关联，那么投资企业仍需承担相应的法律责任。
综上所述，行政协议中约定投资企业未达到税收要求则不退还保证金的合法性并非绝对，而是取决于多种因素的综合判断。如果您对此类问题有进一步疑问或需要具体法律帮助，请直接向我咨询。