结论：在医疗期3个月且员工仍在治疗的情况下，公司通常不能解除劳动合同。但若员工存在严重违纪等法定过错情形，公司可依法解除。若医疗期满后员工仍不能从事原工作及另行安排的工作，公司可依法解除，但需满足一定条件。

一、医疗期内公司解除合同的限制

根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十二条的规定，劳动者患病或者非因工负伤，在规定的医疗期内，用人单位不得依据该法第四十条（非过失性解除）和第四十一条（经济性裁员）的规定解除劳动合同。这意味着，在医疗期内，即使员工病情严重，只要医疗期未满，公司通常不得解除劳动合同。

二、医疗期内公司合法解除合同的情形

尽管医疗期内公司解除合同受到严格限制，但若员工存在严重违纪、严重失职等法定过错情形，即便在医疗期内，公司也可依据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条的规定解除劳动合同。这些法定过错情形包括但不限于：

1. 严重违反用人单位的规章制度的；
2. 严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的；
3. 劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的；
4. 以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使用人单位在违背真实意思的情况下订立或者变更劳动合同的；
5. 被依法追究刑事责任的。

若员工不存在上述法定过错情形，公司在医疗期内解除合同则属于违法解除。

三、医疗期满后公司解除合同的条件

若医疗期满后，员工仍不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作，用人单位可以单方解除劳动合同，但需满足以下条件：

1. 提前通知：用人单位需提前三十日以书面形式通知劳动者本人，或者额外支付劳动者一个月工资作为代通知金。
2. 劳动能力鉴定：若员工不能从事原工作及用人单位另行安排的新工作，应进行劳动能力鉴定。根据鉴定结果，可能涉及退出劳动岗位、办理退休或退职手续，或由用人单位支付经济补偿金。

四、违法解除合同的后果

若公司违法解除劳动合同，员工有权要求继续履行合同或支付赔偿金。赔偿金的计算方式为：按员工在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向员工支付；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿。同时，赔偿金为经济补偿标准的二倍。

五、应对措施与建议

1. 收集证据：员工应收集证明医疗期、劳动关系及公司解除合同的证据，如医院诊断证明、劳动合同、解除劳动合同通知等。
2. 与公司协商：首先尝试与公司友好沟通，指出解除合同行为的违法性，要求恢复劳动关系或支付赔偿金。
3. 劳动仲裁或诉讼：若协商不成，可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，对仲裁结果不满意的，还可向人民法院提起诉讼。

总结：在医疗期内，公司通常不得解除劳动合同，除非员工存在严重违纪等法定过错情形。若医疗期满后员工仍不能从事原工作及另行安排的工作，公司可依法解除，但需满足一定条件。员工在遭遇违法解除合同时，应积极通过法律途径维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。