结论前置：关于“协议一式两份，一份双方都签字了，一份只有一方签字，是否生效”的问题，这主要取决于双方当事人的真实意思表示、合同的具体内容以及法律法规或特别约定的要求。在一般情况下，若合同内容合法，双方真实意愿表达，且一方已履行主要义务并被对方接受，合同即可成立并生效；但在特殊情况下，如双方有特别约定或法律有明确规定，则可能需满足额外条件才能生效。

详细分析：

1. 一般情况下的合同生效：

   • 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第四百九十条，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。若一方已履行主要义务且被对方接受，即使另一方未在另一份合同上签字，合同仍成立并生效。
   • 实际应用：这意味着，在双方真实意思表示一致，且合同内容不违反法律法规的前提下，即使只有一份合同被双方签字，而另一份只有一方签字，但只要合同得到实际履行（如一方已支付款项，另一方已提供服务或商品），该合同即具有法律效力。

2. 特殊情况下的合同效力：

   • 双方有特别约定：
     • 如果双方在合同中明确约定必须两份都签字才生效，那么仅签一份则合同不生效。这是因为双方通过约定设定了合同生效的特定条件，条件未成就时合同效力待定。例如，双方可能约定“本合同一式两份，甲乙双方各执一份，自双方签字盖章之日起生效”，若只有一份签字，则合同未满足生效条件。
   • 合同性质或法律规定要求：
     • 某些特殊类型的合同（如涉及重大财产处分、金融监管等）可能需要满足特定的形式或手续才能生效。这可能包括双方都完成签字手续，甚至需要相关部门的审批或备案。在这种情况下，仅签一份合同无法满足生效条件。例如，房屋买卖合同可能需要双方签字并办理过户手续后才生效。
   • 签字与盖章的要求：
     • 如果合同中明确规定需要盖章才生效，那么即使签字了但未盖章，合同也不生效。这强调了合同形式要件的重要性，必须严格按照合同约定或法律规定执行。例如，某些公司合同可能要求法定代表人签字并加盖公司公章才生效。

建议与总结：

• 在签订合同时，双方当事人应明确合同生效的具体条件，并确保这些条件得到满足。如果合同一式两份但只签了一份，应仔细审查合同内容、双方约定以及相关法律法规，以确定合同的效力状态。
• 为避免后续纠纷，建议在签订合同前，双方应就合同的所有条款进行充分沟通，并确保双方对合同内容无异议。同时，双方应保留好所有与合同签订和履行相关的证据，如签字文件、付款凭证、服务或商品交付证明等，以备不时之需。
• 如果您对合同的效力状态存在疑问，或者遇到合同纠纷，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律意见。