政府部门与公司签订的专项工作合同，在大多数情况下并不需要开展公平竞争审查，但具体还需根据合同性质及资金来源等因素综合判断。以下是对这一问题的详细分析：
一、公平竞争审查的适用范围
公平竞争审查主要适用于行政机关以及法律、法规授权的具有管理公共事务职能的组织（以下统称政策制定机关）制定市场准入、产业发展、招商引资、招标投标、政府采购、经营行为规范、资质标准等涉及市场主体经济活动的规章、规范性文件和其他政策措施的行为。其目的在于防止政府出台排除、限制竞争的政策措施，维护市场竞争秩序。
二、专项工作合同的性质
专项工作合同通常是政府部门为了完成特定任务或项目而与公司签订的合同。这类合同往往具有特定的目的和期限，且内容通常涉及具体的服务或产品提供。从性质上看，专项工作合同并不直接等同于市场准入、产业发展等宏观政策措施，而是更侧重于具体项目的执行和实施。
三、是否需要公平竞争审查的判断标准
合同性质：如果专项工作合同的内容主要涉及政府购买服务或产品，且该服务或产品并非由政府独家提供，市场上存在多家供应商，那么该合同可能涉及市场竞争问题。然而，即便如此，也并不意味着必须进行公平竞争审查，因为审查的重点在于政策措施是否排除、限制竞争，而非单个合同。
资金来源：如果专项工作合同的资金来源于政府预算，且合同金额较大，可能对市场竞争产生一定影响，那么政府部门在签订合同前可能会考虑进行公平竞争审查，以确保合同的签订不会违反市场竞争原则。但这种情况并非绝对，因为并非所有政府预算支持的合同都需要审查。
政策要求：在某些特定情况下，如政府为了推动特定产业发展或实现特定政策目标而签订的专项工作合同，可能会受到相关政策要求的约束，需要进行公平竞争审查。但这通常取决于具体政策的制定和执行情况。
四、实际操作中的建议
了解合同性质：政府部门在签订专项工作合同前，应首先明确合同的性质和目的，判断其是否涉及市场竞争问题。
咨询专业意见：如果合同可能涉及市场竞争问题，或者政府部门对是否需要公平竞争审查存在疑问，建议咨询专业律师或相关机构的意见，以确保合同的签订符合法律法规和市场竞争原则。
遵循政策要求：政府部门应密切关注相关政策动态，确保在签订专项工作合同时遵循最新的政策要求，避免因违反政策而引发法律风险。
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