政府与企业签订的合作协议，确实需要遵循公平竞争审查相关管理规定。以下从多个角度进行详细分析：

1. 公平竞争审查制度的基本要求：

   • 公平竞争审查制度旨在防止政府及其所属部门滥用行政权力，排除、限制竞争，从而维护市场公平竞争秩序。根据这一制度，行政机关和法律、法规授权的具有管理公共事务职能的组织，在制定市场准入、产业发展、招商引资、招标投标、政府采购、经营行为规范、资质标准等涉及市场主体经济活动的规章、规范性文件和其他政策措施时，应当进行公平竞争审查。
   • 政府与企业签订的合作协议，如果涉及市场准入、产业发展、招商引资等经济活动，且可能对市场竞争产生影响，那么该协议就需要进行公平竞争审查。

2. 合作协议的具体内容与审查必要性：

   • 合作协议的具体内容决定了是否需要进行公平竞争审查。如果协议中包含了对特定企业的优惠措施、排他性条款或限制其他企业进入市场的条款，那么这些条款很可能违反公平竞争原则，需要进行审查。
   • 例如，如果政府与企业签订的合作协议中约定，政府将给予该企业独家经营权或排他性优惠，这将限制其他企业进入该市场，从而破坏市场竞争秩序。这种情况下，该协议就必须进行公平竞争审查。

3. 未进行公平竞争审查的法律后果：

   • 如果政府与企业签订的合作协议未进行公平竞争审查，且协议内容违反了公平竞争原则，那么该协议可能面临被撤销或修改的风险。同时，相关政府部门和责任人员也可能因违反公平竞争审查制度而承担法律责任。
   • 此外，未进行公平竞争审查的合作协议还可能引发市场主体的不满和投诉，影响政府形象和公信力。

4. 实际操作中的建议：

   • 政府在与企业签订合作协议前，应主动进行公平竞争审查，确保协议内容符合公平竞争原则。
   • 企业也可以要求政府对合作协议进行公平竞争审查，以维护自身合法权益和市场竞争秩序。
   • 如果双方对合作协议是否需要进行公平竞争审查存在争议，可以寻求专业法律意见或咨询相关部门以获取明确指导。

总结与建议：政府与企业签订的合作协议，在涉及市场准入、产业发展等经济活动且可能对市场竞争产生影响时，必须遵循公平竞争审查相关管理规定。这既是维护市场公平竞争秩序的需要，也是避免法律风险和保障协议有效性的重要措施。如果您在签订或审查合作协议过程中遇到任何法律问题，可以直接向我咨询，我将为您提供专业的法律意见和帮助。