是的，公平竞争审查条例在起草时需要进行公平竞争审查。这一要求主要基于以下几点原因和规定：
一、法规依据
根据《公平竞争审查条例》及其相关实施办法，如《公平竞争审查条例实施办法》（国家市场监督管理总局令第99号），明确规定了涉及经营者经济活动的政策措施，包括规章、规范性文件以及“一事一议、一企一策”形式的政策措施，在起草阶段就需要进行公平竞争审查。这是为了确保政策措施不会限制或变相限制市场准入和退出，不会限制商品、要素自由流动，不会影响生产经营成本和行为，从而维护市场的公平竞争环境。
二、审查机制
审查阶段：公平竞争审查应当在政策措施内容基本完备后开展，且审查后政策措施内容发生重大变化的，应当重新开展公平竞争审查。这意味着，在政策措施的起草阶段，就需要进行初步的公平竞争审查，以确保其符合公平竞争的原则。
审查主体：拟由部门出台的政策措施，由起草单位在起草阶段开展公平竞争审查；拟由多个部门联合出台的政策措施，由牵头起草单位在起草阶段开展公平竞争审查。这明确了起草单位在公平竞争审查中的主体责任。
审查程序：在政策制定时应遵循公平竞争审查基本流程，包括识别相关政策是否属于审查对象、判断是否违反审查标准、分析是否适用例外规定等。这一流程确保了公平竞争审查的系统性和规范性。
三、实践案例
从实践案例来看，如《乌海交通运输局加强公平竞争审查工作》政策解读和《陆家嘴街道公平竞争审查工作制度》的通知中，都明确提到了在政策措施起草阶段需要进行公平竞争审查。这些案例进一步印证了公平竞争审查在政策措施起草阶段的重要性。
四、审查标准与内容
公平竞争审查的标准主要包括是否含有限制或者变相限制市场准入和退出的内容、是否含有限制商品、要素自由流动的内容、是否含有影响生产经营成本的内容以及是否含有影响生产经营行为的内容。审查内容则涉及市场准入和退出、产业发展、招商引资、政府采购、招标投标、资质标准、监管执法等方面。
五、未审查的后果
涉及经营者经济活动的政策措施未经公平竞争审查，或者经公平竞争审查认为违反相关规定的，不得出台。这一规定强调了公平竞争审查的强制性和必要性。
综上所述，公平竞争审查条例在起草时确实需要进行公平竞争审查，这是为了确保政策措施符合公平竞争的原则，维护市场的公平竞争环境。