在合同中约定两个管辖法院，其效力需根据具体情况判断，但一般而言，只要符合法律规定，这样的约定是有效的。以下是对此问题的详细分析：
有效情形
符合法定条件：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》第三十五条的规定，合同或其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖。这一规定为当事人协议选择管辖法院提供了法律依据。
- 具体实例：在一份跨地区的买卖合同中，双方约定合同签订地和合同履行地的法院均有管辖权。这样的约定是有效的，因为这两个地点都与争议有实际联系，且没有违反级别管辖和专属管辖的规定。
明确选择：
- 当约定两个管辖法院时，如果原告能够明确选择其中一个法院进行起诉，且该选择符合法律规定，那么该约定通常被认为是有效的。
无效情形
违反专属管辖：
- 如果约定的法院中包括违反专属管辖规定的法院，如不动产纠纷应由不动产所在地法院专属管辖，而当事人却约定了其他地点的法院，则该部分约定无效。
- 具体实例：在一份涉及不动产的合同中，双方约定由合同签订地和不动产所在地以外的法院管辖。由于不动产纠纷应由不动产所在地法院专属管辖，因此该约定中关于非不动产所在地法院的部分是无效的。
约定不明确或无法确定：
- 如果约定的两个法院不明确，或者导致无法确定具体的管辖法院，该约定可能被认定为无效。例如，仅约定“由双方所在地法院管辖”而未明确具体地点，这种模糊的约定可能无效。
- 具体实例：在一份合同中，双方约定“因本合同产生的争议，由双方所在地法院管辖”。由于“双方所在地”表述模糊，无法确定具体的管辖法院，因此该约定可能被视为无效。
违反级别管辖：
- 如果约定的管辖法院违反了级别管辖的规定，如重大涉外案件或在本辖区有重大影响的案件应由中级人民法院管辖，而当事人却约定由基层法院管辖，则该约定无效。
注意事项与实践指导
明确性：
- 管辖协议应明确、具体，确保在实际操作中能够确定具体的管辖法院。避免使用模糊、不确定的表述。
实际联系：
- 约定的法院必须与争议有实际联系，如合同签订地、履行地等。这是协议管辖有效性的前提之一。
形式要求：
- 管辖协议必须为要式行为，即必须符合法律规定的形式才属有效约定。通常要求书面形式，并明确记载在合同中或作为合同的附件。
不违反级别管辖和专属管辖：
- 这是管辖协议有效性的前提。任何违反这些规定的约定都将被视为无效。
处理方式
- 当出现约定两个管辖法院且引发争议时，法院会首先审查该约定是否符合法律规定。如果符合法律规定且原告已明确选择其中一个法院起诉，则该法院可依法受理并审理案件。
- 如果约定无效（如违反专属管辖、约定不明确等），则会根据法律关于管辖的一般规定来确定管辖法院，通常会依据被告住所地、合同履行地等法定因素来确定。
总结与建议：当事人在合同中约定两个管辖法院时，应确保约定符合相关法律规定，特别是要确保约定的法院与争议有实际联系，且不违反级别管辖和专属管辖的规定。同时，管辖协议应明确、具体，以避免后续争议。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。