船员超期工资的计算问题，核心在于明确超期工作的性质以及相关合同或法律的约定。以下是详细分析：

1. 合同有约定的情况
   如果船员与雇主（船公司或船东）签订的劳动合同中，明确约定了超期工作的工资计算方式（例如按日工资的百分比加付、按固定金额加付等），那么应当首先按照合同约定执行。这是基于《劳动合同法》中“有约定从约定”的基本原则。
   例如：合同约定超期工作每日按日工资的150%支付，船员超期工作10天，日工资500元，则超期工资为500×150%×10=7500元。

2. 合同无约定但符合法定加班情形的情况
   如果合同未约定超期工资，但超期工作属于法定加班情形（例如因船舶运营需要、不可抗力等导致船员无法按期下船），则需根据《劳动法》或《船员条例》中关于加班工资的规定计算。

   • 一般情况下，超期工作属于“延长工作时间”，应按不低于日工资的150%支付工资；
     
   • 如果是休息日（如周末）超期工作且无法安排补休，应按不低于日工资的200%支付工资；
     
   • 如果是法定节假日超期工作，应按不低于日工资的300%支付工资。
     例如：船员超期工作5天，其中3天为工作日、2天为休息日且未补休，日工资500元，则超期工资为500×150%×3+500×200%×2=4250元。

3. 合同无约定且无法认定为法定加班的情形
   如果超期工作既非合同约定，也非法定加班（例如因船员个人原因导致超期），则可能无法主张超期工资。但需注意，若雇主存在过错（如未及时安排船员下船、未提供必要协助等），船员仍可主张相应赔偿或工资补足，具体需结合证据和实际情况判断。

建议：

• 船员应保留好劳动合同、工资记录、超期工作证明（如船长日志、公司通知等）等证据，以便维权；
  
• 若对超期工资计算有争议，可先与雇主协商，协商不成可向当地劳动仲裁机构申请仲裁或向法院起诉。
  

如有具体案例或细节需要进一步分析，欢迎随时向我咨询。