您好，关于应届生三方协议单位能否由上级盖章的问题，这主要取决于用人单位的性质和组织架构。

首先，我们需要明确三方协议，即《全国普通高等学校毕业生就业协议书》，是由毕业生、用人单位和学校三方签署，明确三者在毕业生就业中的权利义务的书面协议。在签署这份协议时，用人单位的盖章是至关重要的一环，它代表了用人单位对协议内容的认可和承诺。

对于您的问题，如果用人单位是行政事业单位、国企或社会团体等有上级主管部门的单位，那么在签署三方协议时，除了用人单位自身需要盖章外，通常还需要加盖上级主管部门的公章。这是因为这些单位在组织架构上存在上下级关系，上级主管部门对下属单位的用人行为有一定的监督和管理职责。加盖上级主管部门的公章，可以确保协议的合法性和有效性，同时也为毕业生提供了一定的保障。

然而，如果用人单位是私企或没有上级主管部门的单位，那么就不需要加盖上级主管部门的公章。在这种情况下，只需要用人单位自身盖章即可。但需要注意的是，无论用人单位性质如何，盖章都必须是录用章或人事章，且要与单位名称相符。档案章、财务章、业务章、发票章、资料章等一律无效。

此外，我还想提醒您，在签署三方协议前，一定要详细了解用人单位的性质、营业执照（组织机构代码）、岗位职责、薪资待遇、违约处理等情况，并认真阅读协议条款，确保自己的权益得到充分保障。同时，也要按照学校的要求和流程进行签署和提交，以免出现不必要的麻烦。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。