结论前置：员工辞职时，公司是否扣除请假工资需根据请假类型、公司规章制度及劳动合同约定综合判断，并非所有请假工资都会被扣除。以下从不同角度详细分析：
一、请假类型与工资扣除的关联
事假：
- 法律原则：事假通常是无薪的，因为员工因个人原因未提供劳动。
- 实际操作：若员工在辞职前已休事假，且公司规章制度或劳动合同中明确规定事假期间不支付工资，则公司有权在结算工资时扣除相应事假天数对应的工资。
病假：
- 法律原则：根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，员工在医疗期内享有病假工资，且病假工资不得低于当地最低工资标准的80%。
- 实际操作：若员工在辞职前已休病假且处于医疗期内，公司应按照法律规定支付病假工资，不得随意扣除。若病假超出医疗期，公司可能根据规章制度或劳动合同约定处理，但需确保不违反法律法规。
年假、婚假、产假等法定假期：
- 法律原则：这些假期是员工依法享有的，期间工资应全额支付。
- 实际操作：若员工在辞职前已休这些假期，公司不得扣除相应假期期间的工资。
二、公司规章制度与劳动合同的约定
公司规章制度：
- 公司规章制度是公司内部管理的重要依据，但必须符合法律法规的规定。若规章制度中明确规定了请假工资的扣除方式，且该规定不违反法律法规，则公司可以按照规章制度执行。
- 注意：公司规章制度需经过民主程序制定并公示，否则可能对员工不产生约束力。
劳动合同约定：
- 劳动合同是员工与公司之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。若劳动合同中明确约定了请假工资的扣除方式，且该约定不违反法律法规，则双方应按照劳动合同约定执行。
三、法律建议与风险提示
对于员工：
- 在辞职前，应仔细阅读公司规章制度和劳动合同，了解请假工资的扣除规定。
- 若对公司扣除请假工资的做法有异议，可与公司协商解决；协商不成的，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
对于公司：
- 在制定公司规章制度和签订劳动合同时，应确保请假工资的扣除规定符合法律法规的要求。
- 在扣除请假工资时，应保留相关证据，如请假条、工资条等，以证明扣除的合法性和合理性。
- 风险提示：若公司随意扣除请假工资，可能面临劳动监察部门的处罚和员工的法律诉讼，导致经济损失和声誉损害。
四、具体案例分析（假设性）
假设某员工因个人原因申请事假5天，后提出辞职。公司规章制度规定事假期间不支付工资，且该规定已公示并经过民主程序制定。在此情况下，公司有权在结算工资时扣除该员工5天事假对应的工资。但若该员工休的是病假且处于医疗期内，则公司不得扣除病假期间的工资。
总结：员工辞职时公司是否扣除请假工资需根据具体情况判断。如有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。