针对您提出的“医疗机构让未经注册变更的医师怎么处罚”这一问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，需要明确的是，医师未经注册变更而从事医疗活动，属于非法行医行为，这一行为不仅违反了相关法律法规，还可能对患者的生命安全和身体健康构成严重威胁。因此，对于此类行为，法律上有着严格的处罚规定。
一、行政责任
责令停止非法执业活动： 县级以上人民政府卫生健康主管部门（或卫生行政部门）在发现医师未经注册变更而从事医疗活动时，有权立即责令其停止非法执业活动，以遏制违法行为的继续。
没收违法所得与物品： 卫生健康主管部门将依法没收非法行医者的违法所得，以及用于非法行医的药品、器械等物品，剥夺其继续从事违法活动的物质基础。
罚款： 对于非医师行医（包括未经注册变更的医师）的情况，可并处违法所得二倍以上十倍以下的罚款。若无法确定违法所得或违法所得不足一万元，则处以一万元以上十万元以下的罚款。
警告、暂停执业及吊销执业证书： 根据违法行为的情节轻重，卫生行政部门还可能给予警告、责令暂停6个月以上1年以下执业活动，甚至吊销执业证书的处罚。对于医疗机构而言，如果其明知医师未经注册变更而仍允许其从事医疗活动，也可能面临相应的行政处罚。
二、民事责任
如果非法行医行为造成了患者的人身损害，那么非法行医者（包括医疗机构）将构成民事侵权。患者有权依据《中华人民共和国民法典》的相关规定，要求非法行医者赔偿医疗费、护理费、交通费、营养费、住院伙食补助费等为治疗和康复支出的合理费用，以及因误工减少的收入。若造成残疾或死亡，还应赔偿相应的辅助器具费、残疾赔偿金、丧葬费和死亡赔偿金。
三、刑事责任
在情节严重的情况下，未经注册行医还可能构成非法行医罪。根据《中华人民共和国刑法》第三百三十六条的规定，未取得医生执业资格的人非法行医，情节严重的，将面临三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金的刑罚。若严重损害就诊人身体健康，将处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；造成就诊人死亡的，则处十年以上有期徒刑，并处罚金。
总结与建议
医疗机构让未经注册变更的医师从事医疗活动，不仅违反了法律法规，还可能对患者的生命安全和身体健康造成严重后果。因此，我建议医疗机构在聘用医师时，务必严格审查其执业资格，确保所有医师都具备合法的执业资格。同时，相关部门也应加强监管力度，严厉打击非法行医行为，以保障医疗服务的专业性和安全性。
希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的咨询，请随时告诉我。