当劳动者在单位遭遇侵权并同时构成工伤时，其赔偿问题确实需要依据《工伤保险条例》以及相关的民事侵权法律规定来综合处理。以下是对这一问题的详细解答：

一、核心原则：双重赔偿

劳动者因第三人（这里可以包括单位内的其他侵权人或外部侵权人）的侵权行为同时构成工伤的，有权获得双重赔偿。这意味着，劳动者既可以向用人单位和工伤保险基金主张工伤保险待遇，又可以向侵权人主张人身损害赔偿。这两种赔偿是并行不悖的，不会因为一方已经给予赔偿而免除或减轻另一方的责任。

二、赔偿项目的处理方式

1. 重复赔偿项目：

   • 医疗费：劳动者只能获得一次赔偿。如果侵权人已经支付了部分或全部医疗费，那么工伤保险基金或用人单位就不再重复支付。
   • 误工费/停工留薪期工资：这两者虽然名称不同，但实质上都是对劳动者因伤害而无法工作期间的收入补偿。因此，采取补充方式赔偿，确保劳动者能够获得全额的收入补偿。如果侵权人已经支付了误工费，但不足以覆盖停工留薪期的全部工资，那么用人单位或工伤保险基金需要补足差额。

2. 兼得赔偿项目：

   • 残疾赔偿金与一次性伤残补助金：这两者性质不同，残疾赔偿金是基于侵权行为对劳动者造成的身体伤害而给予的赔偿，而一次性伤残补助金则是工伤保险待遇的一部分。因此，劳动者可以同时获得这两项赔偿。
   • 死亡赔偿金与一次性工亡补助金：同理，如果劳动者因伤害死亡，其家属可以同时主张死亡赔偿金和一次性工亡补助金。

3. 工伤保险待遇特有项目：

   • 护理费：根据劳动者的生活自理能力鉴定结果，由工伤保险基金或用人单位支付。
   • 伤残津贴：针对特定伤残等级的劳动者，按月支付以保障其基本生活。
   • 一次性工伤医疗补助金和一次性伤残就业补助金：这两项补助金适用于五级至十级伤残的劳动者，在劳动合同终止或解除时支付。

4. 人身损害赔偿特有项目：

   • 精神损害抚慰金：根据侵权行为的性质、后果以及当地的生活水平来确定。
   • 护理费、交通费、住宿费、营养费：这些费用按照实际发生的合理费用来计算，并由侵权人承担。

三、赔偿流程与注意事项

1. 工伤认定与劳动能力鉴定：劳动者在遭遇伤害后，应及时向用人单位报告，并按照规定进行工伤认定和劳动能力鉴定。这是后续获得工伤保险待遇和人身损害赔偿的基础。

2. 赔偿支付顺序：没有固定的支付顺序，劳动者可以根据自己的实际情况选择先向侵权人或工伤保险机构主张赔偿。

3. 证据保留：劳动者应保存好所有相关的证据，如工伤认定书、医疗费用单据、工资证明、侵权行为的证据等。这些证据在后续的赔偿过程中将起到至关重要的作用。

4. 时效关注：劳动者应注意赔偿请求的时效规定，避免因为错过时效而无法主张自己的权利。

四、举例说明

以职工小王为例，他在上班途中被机动车撞伤，被认定为工伤且机动车驾驶员负主责。小王花费了医疗费5万元，并构成了八级伤残。他从侵权人处获得了医疗费4万元、残疾赔偿金20万元、误工费2万元。在此情况下，工伤保险基金无需再支付医疗费，但需要支付一次性伤残补助金（假设为10万元），并补足停工留薪期工资与误工费的差额（假设停工留薪期工资为3万元，则补差1万元）。

综上所述，当劳动者在单位遭遇侵权并同时构成工伤时，应充分了解自己的权益和赔偿流程，确保能够获得全面、合理的赔偿。如有需要，建议咨询专业律师以获取更具体的法律指导。