结论：学校在职教师因脑出血请假数年，工资被扣是否正常，需根据具体情况判断，若请假属于病假且符合相关规定，则工资不应被全额扣除；若请假性质或时长不符合规定，则工资扣除可能有其合理性，但需遵循法定标准。以下从不同角度进行分析：

一、病假工资的支付规定

根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》以及各地关于病假工资的具体规定，职工因病或非因工负伤请假期间，用人单位应支付病假工资或疾病救济费。具体支付标准可能因地区而异，但通常不会低于当地最低工资标准的80%。因此，若该教师的请假属于病假，且学校未按照法定标准支付工资，则学校的做法是不合法的。

二、医疗期的长度与工资支付

医疗期是指企业职工因患病或非因工负伤停止工作治病休息不得解除劳动合同的时限。医疗期的长度根据职工本人实际参加工作年限和在本单位工作年限确定，一般为3个月到24个月不等。在医疗期内，学校应按照相关规定支付病假工资。若教师请假数年，但医疗期未满，且学校未支付病假工资，则学校的做法违法；若医疗期已满，且教师不能从事原工作也不能从事由用人单位另行安排的工作，学校可以解除劳动合同，但在解除劳动合同前，仍需支付一定的生活费或疾病救济费，具体标准需参照当地规定。

三、请假性质与工资扣除

若教师的请假并非完全因病，而是包含其他非医疗原因（如个人事务、家庭原因等），或者请假时长超过了法定医疗期且未获得学校额外批准，学校可能根据内部规章制度对工资进行扣除。但即便如此，扣除的幅度和方式也需符合法律法规和劳动合同的约定，不能随意全额扣除或设定不合理的扣除标准。

四、建议与行动

1. 核实请假性质与医疗期：教师首先应核实自己的请假是否属于病假，以及医疗期的具体长度。这有助于判断学校扣除工资的行为是否合法。
2. 查阅学校规章制度：了解学校关于病假工资支付和请假管理的具体规定，看学校是否按照规章制度执行。
3. 与学校沟通协商：若认为学校扣除工资的行为不合法或不合理，可以与学校进行沟通协商，要求学校按照法定标准支付工资或提供合理的解释。
4. 寻求法律援助：若沟通协商无果，教师可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

最后，每个具体案件都有其独特性，上述分析仅为一般性指导。若您面临类似情况，建议直接向我咨询，以便根据您的具体情况提供更精确的法律建议。