当公司申请破产清算后，其财产不足以支付员工赔偿时，这是一个涉及法律、程序和实际操作多个层面的复杂问题。以下是我为您提供的详细解答：

一、法律原则与清偿顺序

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国企业破产法》及相关法律法规，破产财产的清偿顺序有明确规定。员工的工资、医疗、伤残补助、抚恤费用，以及应划入员工个人账户的基本养老保险、基本医疗保险费用等，均属于优先清偿的范围。

2. 优先受偿权：

   • 在破产清算过程中，员工的这些权益享有优先于普通债权人的受偿权。这意味着，在分配破产财产时，应首先满足员工的这些基本权益。

二、破产清算程序与员工赔偿

1. 破产清算程序：

   • 公司申请破产清算后，法院会指定管理人接管公司财产，进行清理、核实和变价。管理人会拟订破产财产分配方案，并提交债权人会议讨论通过。
   • 在分配方案中，员工的赔偿会按照法定顺序和比例进行分配。如果破产财产不足以全额支付所有员工，则剩余财产将按照比例分配给各员工。

2. 员工赔偿的实际情况：

   • 在实际操作中，如果公司的破产财产确实不足以支付所有员工的赔偿，员工可能无法获得全额赔偿。但员工的赔偿请求在法律上仍然具有优先地位，会尽可能在破产财产中得到满足。

三、员工应对策略与建议

1. 及时申报债权：

   • 员工应在规定时间内向破产管理人申报债权，确保自己的权益得到确认。这是维护自身权益的第一步，也是后续获得赔偿的基础。

2. 保留相关证据：

   • 员工应妥善保管劳动合同、工资单、社保缴纳记录等相关证据。这些证据在维权过程中至关重要，可以证明员工的劳动关系、工资水平以及社保缴纳情况等。

3. 关注破产程序进展：

   • 员工应积极参加债权人会议，了解破产程序的进展情况。在会议上，员工可以提出自己的意见和建议，维护自身权益。

4. 寻求法律援助：

   • 如果员工对破产清算程序或赔偿问题存在疑问或争议，可以寻求专业律师的帮助。律师可以提供法律咨询、代理诉讼等服务，帮助员工维护自身合法权益。

5. 了解政府介入与社会保障：

   • 在某些情况下，政府可能会介入处理公司破产清算问题，特别是当涉及大量员工失业和社会稳定时。员工可以了解当地政府的相关政策，如申请失业保险金、参与再就业培训等，以减轻经济压力。

四、特殊情况下的追索责任

• 在特定情况下，如股东未足额出资或抽逃出资，员工可要求股东在其未出资或抽逃出资的范围内对公司债务承担补充赔偿责任。对于一人有限责任公司，若股东不能证明公司财产独立于个人财产，则需对公司债务承担连带责任。这为员工提供了额外的维权途径。

综上所述，当公司申请破产清算后不足以支付员工赔偿时，员工应了解自身权益和维权途径，积极配合破产程序，并寻求法律援助以维护自身合法权益。同时，政府和社会也应提供必要的支持和保障，帮助员工度过难关。