结论：在合同中约定了多个管辖法院但未约定被告所在地的情况下，原则上应当按照合同约定的管辖法院起诉，被告所在地法院通常不再具有管辖权。但这一原则存在例外情况，具体分析如下：

一、法律基础与原则

根据《中华人民共和国民事诉讼法》第三十五条的规定，合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。这意味着，有效的管辖约定具有优先效力，应当遵循。

二、约定管辖的有效性

1. 有效条件：

   • 合同中约定的管辖法院必须与争议有实际联系。
   • 约定不得违反级别管辖和专属管辖的规定。
   • 约定应当明确具体，避免模糊或歧义。

2. 无效情形：

   • 如果合同中的管辖约定违反了级别管辖或专属管辖规定，则该约定无效。
   • 如果约定不明确或无法确定具体的管辖法院，该约定也可能被认定无效。
   • 若约定了多个法院管辖，且这些法院并非均与争议有实际联系，或者约定本身存在冲突，导致无法确定唯一管辖法院时，该约定同样可能无效。

三、例外情况下的管辖确定

1. 管辖协议无效时的处理：

   • 当管辖协议因违反法律规定而无效时，应当根据《民事诉讼法》的其他规定来确定管辖法院。
   • 在这种情况下，如果被告所在地法院对案件有管辖权，且符合级别管辖和地域管辖的要求，那么可以按被告所在地起诉。

2. 合同未实际履行时的处理：

   • 根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第十八条，如果合同没有实际履行，且当事人双方住所地都不在合同约定的履行地的，由被告住所地人民法院管辖。

四、实际操作建议

1. 审查合同约定：

   • 在签订合同时，应仔细审查管辖条款，确保其符合法律规定，避免违反级别管辖和专属管辖的规定。
   • 如果合同中约定了多个管辖法院，应确保这些约定明确具体，且均与争议有实际联系。

2. 提出管辖异议：

   • 如果一方违反约定到非约定法院起诉，另一方有权提出管辖异议，要求将案件移送至约定的管辖法院。

3. 灵活应对例外情况：

   • 在处理管辖问题时，应灵活应对可能出现的例外情况，如管辖协议无效或合同未实际履行等。
   • 在这些情况下，应根据法律规定和案件事实，合理确定管辖法院。

示例说明：

假设甲乙双方签订了一份买卖合同，合同中约定了“如发生争议，由甲方所在地或乙方所在地法院管辖”。但合同中并未明确约定被告所在地法院是否具有管辖权。在这种情况下，如果双方发生争议并提起诉讼，原则上应当按照合同约定的甲方所在地或乙方所在地法院起诉。然而，如果合同中的管辖约定被认定无效（如因违反级别管辖或专属管辖规定），或者合同未实际履行且双方住所地均不在约定履行地，那么被告所在地法院可能具有管辖权。

最后提醒：在处理复杂的管辖问题时，建议直接向我咨询，以确保自身权益得到充分保护。