针对您提出的“刑事案件中机关单位怎么处罚”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
在刑法中，机关单位犯罪属于单位犯罪的一种特殊情形，其处罚原则及具体措施有明确规定。总体来说，刑法对单位犯罪（包括机关犯罪）实行以双罚制为主、单罚制为辅的处罚原则，旨在全面打击单位犯罪，维护社会秩序和公共利益。
一、处罚原则
双罚制（两罚制）：
- 定义：既对单位判处罚金，又对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员判处刑罚。
- 目的：通过同时惩罚单位和实施犯罪行为的具体人员，全面打击单位犯罪。
- 特别说明：当犯罪主体为国家机关时，由于其经费来源于国家财政拨款，对其判处罚金没有实际意义，因此一般不适用双罚制中的罚金刑，但会追究直接责任人员的刑事责任。
单罚制：
- 适用情况：在某些特定情况下，只处罚单位中的直接负责的主管人员和其他直接责任人员，而不处罚单位本身。这通常适用于犯罪动机或行为主要源于个别责任人，而非单位整体意志的情况。
二、具体处罚措施
对单位的处罚（在机关犯罪中通常不适用罚金刑）：
- 在一般单位犯罪中，单位会被判处罚金，罚金数额由法院根据犯罪的性质、情节、危害后果及单位的实际情况等因素确定。
- 在机关犯罪中，由于国家机关的特殊性，一般不判处罚金，但会建议有关主管部门予以行政处罚或纪律处分。
对直接负责的主管人员和其他直接责任人员的处罚：
- 这些人员会面临自由刑（如有期徒刑、拘役等）、罚金或者没收财产等刑罚。
- 刑罚的种类和幅度依据具体犯罪的刑法条文规定，以及他们在犯罪中所起的作用和犯罪情节的严重程度来确定。
三、机关犯罪的特殊处理
当犯罪主体为国家机关时，由于其特殊性，除了追究直接责任人员的刑事责任外，还可以采取以下措施：
- 建议行政处罚或纪律处分：对于构成犯罪的机关，可以建议其上级主管部门给予相应的行政处罚或纪律处分，以督促其加强内部管理，防止类似犯罪再次发生。
- 公开通报或谴责：在必要时，可以通过公开通报或谴责的方式，对机关犯罪行为进行社会监督，增强法律的威慑力。
四、案例分析
以某国家机关违反国家规定，将国有资产集体私分给个人为例：
- 个人处罚：对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，会依法判处有期徒刑，并处罚金（在机关犯罪中，罚金主要针对个人）。
- 单位处理：该国家机关不会被判处罚金，但可能会受到上级主管部门的行政处罚或纪律处分，如警告、记过、降级等。
五、注意事项
- 区分主犯与从犯：在单位犯罪案件中，若存在多个直接负责的主管人员和其他直接责任人员，法院会根据他们在犯罪过程中的作用大小，区分主犯和从犯，并分别判处相应的刑罚。
- 考虑犯罪动机与目的：判断单位犯罪的性质和情节时，法院会综合考虑犯罪动机、目的是否为单位谋取非法利益，以及是否体现了单位的整体意志等因素。
综上所述，刑法对机关单位犯罪的处罚是严格且全面的，旨在通过法律手段有效遏制单位犯罪的发生，保护社会公共利益不受侵害。希望以上解答能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的解释，请随时告诉我。