结论前置：公司改制不彻底引发的纠纷，人民法院是否受理需视具体情况而定。一般来说，若纠纷属于平等主体间的民事纠纷且符合起诉条件，法院会予以受理；但若纠纷涉及政府主导下的改制行为、企业内部决策问题或不符合起诉条件等情形，法院则可能不予受理。
一、法院可能受理的情形
平等主体间的民事纠纷：
- 若公司改制过程中，因合同履行、股权转让、债权债务处理等引发的纠纷，且这些纠纷发生在平等主体之间（如公司与其他企业、个人之间），同时符合《中华人民共和国民事诉讼法》规定的起诉条件（如原告与本案有直接利害关系、有明确的被告、有具体的诉讼请求和事实理由等），则法院通常会予以受理。
改制程序违法或侵犯合法权益：
- 若公司改制过程中存在程序违法或侵犯职工、股东等合法权益的情形，且这些权益受到侵害的主体能够提供充分证据证明其权益受损，同时纠纷属于法院受理范围，则法院也会依法受理并作出裁决。
二、法院可能不予受理的情形
政府主导下的改制行为：
- 根据《最高人民法院关于审理与企业改制相关的民事纠纷案件若干问题的规定》，政府在对企业国有资产进行行政性调整、划转过程中发生的纠纷，如地方政府根据产业政策将某国有企业的资产无偿划转给另一国有企业，此类纠纷因属于行政行为而不属于平等主体间的民事纠纷，法院通常不予受理。
企业内部决策问题：
- 企业改制涉及的内部重大决策（如职工安置方案、股权设置等），若这些决策是按照企业内部规定的民主程序进行的，且不侵犯职工民事权益，法院一般不予受理，视为企业管理决策事项。例如，公司按照内部程序通过了职工安置方案，但部分职工对该方案不满并提起诉讼，若方案本身不违反法律法规且未侵犯职工合法权益，则法院可能不予受理。
不符合起诉条件：
- 若原告在起诉时无法明确提出具体的诉讼请求及所依据的事实和理由，或者提供的证据不足以支持其主张，法院将认为案件不符合起诉条件而不予受理。此外，若原告不具备诉讼主体资格、起诉超过法定诉讼时效期间等情况，法院也可能因此不予受理。
重复起诉或违反一事不再理原则：
- 若原告就同一事实或理由已向法院提起过诉讼，且法院已作出裁判，则再次提起诉讼构成重复起诉，违反一事不再理原则，法院将不予受理。
三、建议与指导
确认纠纷性质：
- 在提起诉讼前，公司应首先确认纠纷的性质是否属于法院受理范围。若纠纷涉及政府主导下的改制行为或企业内部决策问题等可能不属于法院受理范围的情形，应考虑通过其他途径解决争议。
准备充分证据：
- 若决定提起诉讼，公司应准备充分的证据来支持其主张。这包括合同、协议、会议纪要、决策文件等书面证据以及证人证言等口头证据。
咨询专业律师：
- 在处理公司改制纠纷时，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。律师可以根据纠纷的具体情况提供针对性的解决方案，并帮助公司制定合适的诉讼策略。
加强风险防控：
- 公司应加强对改制过程中法律风险的识别与防控，确保改制活动的合法性与合规性。这包括完善内部决策程序、加强合同管理、保障职工和股东合法权益等方面。
若你在公司改制过程中遇到纠纷或需要法律方面的帮助，请直接向我咨询。我会根据你的具体情况提供针对性的法律建议和解决方案。