结论：员工离职两年后被三方公司起诉，情况较为复杂，需根据具体起诉原因来应对。以下从不同起诉原因角度为你详细分析。
若三方公司起诉员工侵犯商业秘密或竞业限制违约
- 法律背景
- 根据《劳动合同法》规定，用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。
- 商业秘密是指不为公众所知悉、能为权利人带来经济利益、具有实用性并经权利人采取保密措施的技术信息和经营信息。
- 可能情况及应对建议
- 情况一：员工未违反竞业限制协议
- 若三方公司起诉员工违反竞业限制协议，但员工实际上并未在竞业限制期限内到与原用人单位有竞争关系的单位工作，或者没有自行开展与原用人单位有竞争关系的业务。员工应收集相关证据，如工作证明、社保缴纳记录等，证明自己在竞业限制期间没有从事违反协议的行为。在庭审中，向法官清晰陈述事实，并提供证据支持自己的主张。
- 情况二：员工违反竞业限制协议
- 如果员工确实违反了竞业限制协议，那么三方公司有权要求员工支付违约金。此时，员工需要考虑违约金的数额是否合理。根据相关法律规定，违约金的数额应当与员工因违约行为给用人单位造成的损失相适应。如果员工认为违约金过高，可以在庭审中提出调整违约金的请求，并提供相关证据证明用人单位的实际损失情况，由法院根据具体情况进行裁决。
- 情况三：关于商业秘密侵权
- 若三方公司起诉员工侵犯商业秘密，员工需要判断自己是否真的接触、获取并使用了该商业秘密。如果员工没有实施侵权行为，应收集证据证明自己的清白，例如证明自己没有接触相关商业秘密的途径、没有使用相关商业秘密进行生产经营等。如果员工确实接触过商业秘密，但认为自己的行为不构成侵权，比如是合法获取、使用，或者该信息不构成商业秘密等，也需要提供相应的证据和法律依据进行抗辩。
若三方公司起诉员工损害公司利益（如职务侵占、挪用资金等，但需注意诉讼时效问题）
- 法律背景
- 职务侵占罪是指公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的行为。挪用资金罪是指公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，挪用本单位资金归个人使用或者借贷给他人，数额较大、超过三个月未还的，或者虽未超过三个月，但数额较大、进行营利活动的，或者进行非法活动的行为。
- 不过，根据《民法典》规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。如果三方公司起诉员工损害公司利益的行为发生在两年前，且不存在诉讼时效中断、中止等情形，从民事诉讼角度，公司可能已丧失胜诉权。但如果是刑事犯罪，追诉时效会根据犯罪的法定最高刑来确定。
- 可能情况及应对建议
- 情况一：民事诉讼且已过诉讼时效
- 若三方公司以民事纠纷为由起诉员工损害公司利益，且该行为发生在两年前，员工可以以诉讼时效已过为由进行抗辩。在庭审中，向法官说明该纠纷发生的时间，以及不存在诉讼时效中断、中止的情形，要求法院驳回三方公司的诉讼请求。
- 情况二：刑事犯罪追诉
- 如果三方公司认为员工的行为构成刑事犯罪并向公安机关报案，员工需要积极配合调查，同时收集证据证明自己的行为不构成犯罪。例如，对于职务侵占罪，员工可以证明自己对涉案财物没有非法占有的故意，或者该财物的归属存在争议等；对于挪用资金罪，员工可以证明自己挪用资金的行为有合法的理由，或者已经及时归还了资金等。
若三方公司起诉员工其他事项（如劳动报酬纠纷等，同样需考虑诉讼时效）
- 法律背景
- 劳动报酬纠纷通常适用一年的仲裁时效，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。不过，在劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议的，劳动者申请仲裁不受一年仲裁时效期间的限制；但是，劳动关系终止的，应当自劳动关系终止之日起一年内提出。
- 可能情况及应对建议
- 情况一：劳动报酬纠纷已过仲裁时效
- 若三方公司起诉员工追讨劳动报酬等，且该纠纷发生在两年前，员工可以以仲裁时效已过为由进行抗辩。在庭审中，向仲裁员或法官说明该纠纷发生的时间，以及不存在仲裁时效中断、中止的情形，要求驳回三方公司的请求。
- 情况二：存在仲裁时效中断、中止情形
- 如果存在仲裁时效中断、中止的情形，如员工在时效期间内曾向三方公司主张过权利，或者存在不可抗力等导致员工无法在时效期间内主张权利的情况，员工需要收集相关证据证明这些情形的存在，以维护自己的合法权益。
建议：由于具体情况可能较为复杂，且涉及法律专业知识和证据收集等问题，建议你尽快咨询专业律师，详细说明事情的经过和相关细节，以便律师为你制定更具体的应对策略。有问题直接向我咨询，我会结合你的具体情况为你提供专业的法律服务。