核心结论：有罪免于刑事处罚后，对于取保候审期间被扣发的工资，您可以先与单位协商要求补发；若协商不成，可依据具体情况通过劳动仲裁或诉讼途径解决，以下为详细分析：
取保候审期间工资发放的法律规定
- 根据相关规定，劳动者被依法追究刑事责任的，用人单位可以解除劳动合同。但在取保候审期间，劳动者并未被最终判定有罪，只是处于一种暂时的强制措施状态。此时，用人单位不能简单地以劳动者被取保候审为由停发工资。
- 如果劳动者能够正常提供劳动，用人单位应当按照劳动合同的约定支付工资。若劳动者因被取保候审不能正常提供劳动，用人单位可以与劳动者协商调整工资待遇，但一般不能完全停发工资，而是支付一定的生活费。不过，这种生活费的支付标准并没有明确的法律规定，通常由用人单位根据自身情况和当地的相关政策来确定。
有罪免于刑事处罚后工资的处理方式
- 与单位协商：有罪免于刑事处罚意味着您已经被法院认定有罪，但免除了刑事处罚。在这种情况下，您可以先与用人单位进行友好协商，说明您在取保候审期间的情况以及您认为单位扣发工资不合理的理由，要求单位补发被扣发的工资。协商时，您可以提供相关的证据，如劳动合同、工资条、取保候审决定书等，以支持自己的主张。
- 申请劳动仲裁：如果与单位协商无果，您可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。在仲裁申请中，您需要明确自己的仲裁请求，即要求单位补发取保候审期间被扣发的工资，并提交相关的证据材料。劳动争议仲裁委员会会根据双方的陈述和提供的证据进行审理，并作出裁决。
- 提起诉讼：如果您对劳动仲裁的裁决结果不满意，还可以在收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，您需要进一步提供证据证明单位扣发工资的行为违法，以及您应得的工资数额等。法院会根据事实和法律规定进行判决，如果判决支持您的诉讼请求，单位就需要补发工资。
可能影响工资补发的因素
- 劳动合同的约定：如果劳动合同中对取保候审期间工资的发放有明确约定，那么双方应当按照合同约定执行。如果合同约定在这种情况下单位可以扣发工资，那么您要求补发工资的难度会比较大；但如果合同约定不明确或者没有约定，您就有更大的机会争取补发工资。
- 单位的规章制度：用人单位的规章制度也可能对工资发放有规定。如果单位的规章制度经过了民主程序制定，并且已经向您公示，那么在处理工资问题时，这些规章制度也会起到一定的作用。但如果规章制度违反了法律法规的规定，那么是无效的，不能作为扣发工资的依据。
- 您的工作表现和单位的经营状况：在协商或仲裁、诉讼过程中，您的工作表现和单位的经营状况也可能成为考虑因素。如果您在工作中存在严重违反规章制度的行为，或者单位确实因为经营困难等原因导致资金紧张，这些情况可能会对您要求补发工资产生一定的影响。