结论：公司按同工同酬来计算未做满工时的员工工资，是否合法需分情况讨论，不能一概而论。

分析：

1. 劳动合同或公司规章制度有明确规定：

   • 如果劳动合同或公司的规章制度中明确规定了，在员工未做满工时的情况下，公司可以按照同工同酬的原则来计算工资，并且这一规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司的做法就是合法的。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容。如果双方在劳动合同中已经约定了相关条款，或者公司规章制度经过民主程序制定并公示，且不违反法律、行政法规及政策规定，那么这些条款或制度对双方均具有约束力。

2. 劳动合同或公司规章制度无明确规定：

   • 如果劳动合同或公司的规章制度中没有明确规定，在员工未做满工时的情况下公司可以按照同工同酬的原则来计算工资，那么公司的做法可能就不合法。
   • 法律后果：在这种情况下，公司应当按照员工实际工作的工时来计算工资，如果公司擅自按照同工同酬的原则来计算，可能构成克扣工资的行为，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司支付足额的工资。
   • 额外建议：员工在遇到这种情况时，可以先与公司进行协商，要求公司按照实际工时支付工资。如果协商不成，可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

3. 特殊情况下的同工同酬：

   • 即使劳动合同或公司规章制度中有关于同工同酬的规定，也需要考虑是否存在特殊情况。例如，如果员工未做满工时是因为公司的原因（如停工、停产等），那么公司可能不能简单地按照同工同酬的原则来计算工资，而需要根据实际情况来支付工资或生活费。
   • 法律依据：根据《工资支付暂行规定》等相关法律法规，非因劳动者原因造成单位停工、停产在一个工资支付周期内的，用人单位应按劳动合同规定的标准支付劳动者工资。超过一个工资支付周期的，若劳动者提供了正常劳动，则支付给劳动者的劳动报酬不得低于当地的最低工资标准；若劳动者没有提供正常劳动，应按国家有关规定办理。

总结与建议：

• 公司按同工同酬来计算未做满工时的员工工资是否合法，取决于劳动合同或公司规章制度中是否有明确规定以及是否存在特殊情况。
• 建议员工在遇到这种情况时，先查看劳动合同和公司规章制度中的相关规定，然后与公司进行协商。如果协商不成，可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
• 如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。