请假扣工资是按底薪还是总工资，并没有一个固定的答案，而是需要根据公司的规章制度、劳动合同的约定以及当地法律法规来综合判断。以下是对这一问题的详细分析：
一、公司规章制度与劳动合同约定
公司规章制度：
- 许多公司会制定详细的考勤和薪酬管理制度，其中会明确请假期间的工资扣除标准。这些制度可能规定扣除的是基本工资，也可能是包括绩效工资在内的总工资的一部分。
- 举例：某公司规定，员工请事假时，每天扣除当月基本工资的1/21.75（假设月计薪天数为21.75天），而绩效工资则根据实际出勤情况另行计算。
劳动合同：
- 劳动合同是员工与用人单位之间约定劳动权利和义务的法律文件。如果劳动合同中明确规定了请假工资的扣除方式，那么应优先按照合同约定执行。
- 举例：劳动合同中约定，员工请病假时，工资按照基本工资的80%支付，且不扣除绩效工资。
二、法律法规依据
《中华人民共和国劳动法》：
- 工资分配应遵循按劳分配原则，实行同工同酬。用人单位有权依法自主确定工资分配方式和水平，但需在遵守法律法规的前提下制定扣款规定。
- 关键点：无论按底薪还是总工资扣除，扣除后的工资均不得低于当地最低工资标准，以保障劳动者基本生活需要。
《中华人民共和国劳动合同法》：
- 用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。
- 应用：如果劳动合同或公司规章制度中关于请假扣工资的规定违反了法律法规的强制性规定，那么这些规定是无效的。
其他相关法规：
- 如《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》等，对于病假等非因工负伤的情况，企业需按一定比例支付病假工资或疾病救济费，且该费用不得低于当地最低工资标准的80%。
三、实际操作中的常见做法
扣除基本工资：
- 在某些情况下，公司可能会选择仅扣除员工的基本工资部分，而保留绩效工资或其他补贴。这种做法通常适用于短期请假或事假等情况。
- 举例：员工请一天事假，公司扣除其当天的基本工资，但绩效工资不受影响。
按比例扣除总工资：
- 另一种常见的做法是根据员工的实际出勤天数，按比例扣除其总工资（包括基本工资、绩效工资等）。这种做法更为公平合理，能够反映员工的实际工作情况。
- 举例：员工请一周事假，公司按照其当月实际出勤天数与应出勤天数的比例，扣除其总工资的相应部分。
四、实践建议
了解政策：
- 员工在请假前应仔细了解公司的请假扣工资政策，包括公司规章制度和劳动合同中的相关约定。
沟通询问：
- 如果对扣薪方式有疑问或认为不合理，应及时与人力资源部门沟通，明确公司规定和计算方法。
合法维权：
- 如果认为公司扣薪行为违法或违反劳动合同约定，可以向当地劳动行政管理部门投诉举报，或申请劳动仲裁以维护自身合法权益。
总结来说，请假扣工资的计算方式需综合考虑多方面因素。作为员工，应充分了解公司政策，并在必要时采取合法措施维护自身权益。同时，企业也应确保请假扣款规定符合法律法规，避免引发劳动争议。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。