卫生局局长被调查后，处罚告知书是否有效，需分情况讨论：

1. 调查与处罚告知书的独立性

   • 调查行为本身，并不直接决定处罚告知书的法律效力。处罚告知书是行政机关在查明事实后，依据相关法律法规对违法行为人作出的具体行政行为。只要该告知书在作出时符合法定程序，且内容合法、合理，那么它本身是具有法律效力的。
   • 卫生局局长被调查，可能涉及职务违法或犯罪，但这并不直接等同于其作出的所有行政行为都无效。行政行为的效力，取决于其作出时是否符合法律法规的规定，而非作出行为人的个人状况。

2. 调查对处罚告知书可能产生的影响

   • 如果调查发现卫生局局长在作出处罚告知书时存在违法行为，如滥用职权、徇私舞弊等，那么该处罚告知书可能会因程序违法或实体违法而被撤销或变更。
   • 如果调查并未发现卫生局局长在作出处罚告知书时存在违法行为，或者虽然存在违法行为但并未影响处罚告知书的合法性和合理性，那么该处罚告知书仍然有效。

3. 后续法律程序的影响

   • 处罚告知书作出后，如果当事人（如被处罚的卫生局或相关个人）在法定期限内未提出异议或申请复议、诉讼等，那么该处罚告知书将产生法律效力，并可能被执行。
   • 如果当事人提出了异议或申请了复议、诉讼等，那么处罚告知书的效力将取决于后续法律程序的结果。如果复议机关或法院维持了处罚告知书，那么它将继续有效；如果复议机关或法院撤销了或变更了处罚告知书，那么它将失去或部分失去法律效力。

法律建议：

• 对于被处罚的卫生局或相关个人而言，如果认为处罚告知书存在违法或不合理之处，应及时在法定期限内提出异议或申请复议、诉讼等，以维护自己的合法权益。
• 对于卫生局内部而言，如果局长被调查且可能涉及职务违法或犯罪，应及时启动内部调查程序，查明事实真相，并根据调查结果采取相应的措施，如撤销或变更违法的处罚告知书等。

可能法律后果：

• 如果处罚告知书被撤销或变更，那么被处罚的卫生局或相关个人将不再承担或减轻相应的法律责任。
• 如果处罚告知书被维持且产生法律效力，那么被处罚的卫生局或相关个人将需要承担相应的法律责任，并可能面临进一步的法律后果，如强制执行等。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。