结论：纪检机关对违法事实供认不讳但查不到责任人，并不直接等同于该情况合法。是否合法需结合具体调查程序、证据收集及责任认定等多方面因素综合判断。以下从几个关键角度进行分析：

1. 调查程序与证据收集

   • 程序合法性：纪检机关在调查过程中必须严格遵守法定程序，包括但不限于立案、调查取证、询问当事人、查阅相关文件等。如果调查程序存在瑕疵或违法，即使违法事实供认不讳，也可能影响责任认定的合法性。
   • 证据充分性：责任认定的基础是充分的证据。如果纪检机关虽然获得了违法事实的供认，但缺乏其他证据（如物证、书证、证人证言等）来佐证，或者证据之间存在矛盾，那么查不到具体责任人可能是合理的，但这并不意味着该情况本身合法，而是反映了调查工作的不足或复杂性。

2. 责任认定与法律适用

   • 责任认定标准：纪检机关在认定责任时，需要依据相关法律法规和党内规章，明确责任主体、责任类型和责任程度。如果违法事实供认不讳，但无法确定具体责任人，可能是因为责任主体不明确、责任划分不清或存在共同责任等情况。
   • 法律适用准确性：在责任认定过程中，纪检机关必须准确适用法律，确保责任认定的合法性和合理性。如果法律适用存在错误或偏差，即使违法事实供认不讳，也可能导致责任认定不准确或无法认定责任人。

3. 后续处理与监督

   • 后续处理措施：如果纪检机关在调查过程中确实无法查找到具体责任人，应当根据调查结果和法律规定，采取相应的后续处理措施，如建议相关部门加强监管、完善制度等，以防止类似违法事实再次发生。
   • 监督与问责：纪检机关的调查工作应接受上级机关和社会各界的监督。如果调查工作存在疏忽或不当行为，导致无法查找到责任人，相关责任人员可能面临问责或纪律处分。

建议：

• 对于纪检机关而言，应进一步加强调查工作的规范性和严谨性，确保调查程序合法、证据充分、责任认定准确。
• 对于公众而言，如果认为纪检机关的调查工作存在不当或疏忽，可以通过合法途径提出异议或申诉，要求纪检机关重新调查或解释说明。
• 如果您或他人涉及此类情况，并希望进一步了解法律权益和救济途径，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律意见。