结论：公司以未查出隐患为由处罚员工500元是否违法，需结合具体情况判断，包括公司规章制度的合法性、处罚依据的合理性以及处罚程序的正当性等。以下从多个角度进行分析：
一、公司规章制度的合法性
规章制度需经民主程序制定：
- 根据《劳动合同法》第四条，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
- 若公司规章制度未经上述民主程序制定，则可能因程序违法而无效，以此为依据的处罚也可能违法。
规章制度内容需合法：
- 规章制度的内容不得违反法律、法规的规定，否则无效。例如，若公司规章制度中规定的处罚措施过于严厉，超出了法律允许的范围，则该部分规章制度无效。
二、处罚依据的合理性
隐患未查出的责任归属：
- 需要明确隐患未查出是员工的个人责任还是团队责任，或是公司管理上的问题。若员工已尽到合理注意义务，仍未能查出隐患，则公司对其处罚可能缺乏合理性。
- 若员工因疏忽大意或故意未查出隐患，且该隐患导致了严重后果，公司可能依据规章制度对其进行处罚，但处罚的幅度和方式需符合法律规定。
处罚与违规行为的匹配性：
- 处罚应与违规行为的性质、情节以及造成的后果相适应。若公司仅因员工未查出隐患就处以500元罚款，而该隐患并未造成实际损失或后果轻微，则处罚可能过于严厉，缺乏合理性。
三、处罚程序的正当性
处罚前需告知员工：
- 公司在对员工进行处罚前，应告知员工处罚的事实、理由和依据，并听取员工的陈述和申辩。若公司未履行这一程序，则处罚可能因程序违法而无效。
处罚决定需书面通知：
- 处罚决定应以书面形式通知员工，并明确处罚的种类、幅度和执行时间等。若公司仅口头通知员工处罚，则可能因程序不合法而引发争议。
四、具体建议
审查公司规章制度：
- 员工应首先审查公司的规章制度，确认其是否经过民主程序制定、内容是否合法以及处罚依据是否合理。
与公司沟通协商：
- 若员工认为处罚不合理或违法，可与公司进行沟通协商，寻求解决方案。在协商过程中，员工可提出自己的观点和证据，要求公司重新考虑处罚决定。
寻求法律援助：
- 若沟通协商无果，员工可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。在此过程中，员工可咨询专业律师的意见，以更好地了解自己的权利和义务。
总结：公司以未查出隐患为由处罚员工500元是否违法，需结合公司规章制度的合法性、处罚依据的合理性以及处罚程序的正当性等多个方面进行综合判断。若员工认为处罚不合理或违法，可与公司沟通协商或寻求法律援助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。