在涉及当事人起诉解除合同，但法院最终认定合同无效的案件中，法院的判决将基于合同无效的相关法律规定进行。以下是对此问题的详细解答：

一、合同无效的判断

首先，法院会依据《民法典》等法律法规，全面审查合同是否存在以下无效情形：

1. 以欺诈、胁迫手段订立，损害国家利益；
2. 恶意串通，损害国家、集体或第三人利益；
3. 以合法形式掩盖非法目的；
4. 损害社会公共利益；
5. 违反法律、行政法规的强制性规定；
6. 合同主体不具备相应的民事行为能力；
7. 合同内容违反公序良俗。

若合同存在上述任一情形，法院将认定合同无效。此外，即使合同中只有部分条款无效，只要不影响其他部分的效力，法院也会判决部分条款无效，而其余部分仍具法律效力。

二、合同无效的法律后果

一旦合同被确认无效，将产生以下法律后果：

1. 返还财产：

   • 双方因合同取得的财产应予以返还，以恢复合同签订前的财产状况。
   • 若财产无法返还或无需返还，则应进行折价补偿。

2. 赔偿损失：

   • 有过错的一方需赔偿对方因此遭受的直接和间接损失。
   • 若双方均有过错，则按各自过错程度承担相应责任。

3. 收缴财产（特定情形）：

   • 对于以欺诈、胁迫等手段订立的无效合同，若损害了国家、集体或第三人利益，法院可收缴相关财产，收归国家、集体所有或返还第三人。

三、法院的判决

在当事人起诉解除合同，但法院认定合同无效的情况下，法院将作出以下判决：

1. 确认合同无效：

   • 法院将依法判决合同无效，并明确指出合同无效的具体原因。

2. 处理相关后果：

   • 根据合同无效的法律后果，法院将判决双方返还财产、赔偿损失或收缴财产（如适用）。
   • 若合同部分无效，法院将明确判决哪些条款无效，并说明其余条款的效力。

3. 驳回其他诉讼请求：

   • 若原告除了要求确认合同无效外，还提出了其他诉讼请求（如要求解除合同、要求赔偿特定损失等），但这些请求与合同无效的判决无直接关联或无法得到支持，法院将驳回这些诉讼请求。

四、实际应用指导

对于当事人而言，在处理合同无效案件时，应充分准备证据，证明合同存在无效情形，并明确自己的诉求。同时，建议当事人在专业律师的指导下进行诉讼活动，以确保自己的权益得到充分保护。法院也将严格依据法律规定，综合考虑合同的具体情况，作出公正判决，以维护法律的尊严和社会的公共利益。