结论：开设赌场罪涉及股东45人时，违法所得从几百万到几千元是否都会起诉，并非一概而论，而是需根据具体情况综合判断。以下从多个角度进行分析：

1. 起诉标准与证据要求：

   • 起诉标准：根据《刑事诉讼法》及相关司法解释，起诉需满足犯罪事实清楚、证据确实充分等条件。对于开设赌场罪，违法所得的数额是量刑的重要考量因素，但并非唯一决定因素。即使违法所得数额较小，若存在其他严重情节（如组织人数众多、社会影响恶劣等），仍可能被起诉。
   • 证据要求：对于涉及45名股东的开设赌场案件，检察机关需收集充分证据证明各股东的参与程度、违法所得数额等关键事实。若部分股东的违法所得数额较小，但证据显示其积极参与组织、管理或提供其他帮助，仍可能面临起诉。

2. 违法所得数额的影响：

   • 数额较大与数额较小：违法所得数额是判断犯罪情节轻重的重要指标。一般来说，数额较大的股东更可能面临严厉的刑事处罚。然而，对于数额较小的股东，若其参与程度较低或存在其他从轻情节（如自首、立功等），可能面临较轻的处罚或不被起诉。
   • 共同犯罪中的责任划分：在共同犯罪中，各股东的责任需根据其具体行为进行划分。若部分股东仅提供少量资金或未直接参与赌场运营，其责任可能相对较轻。但若其明知赌场违法仍提供资金支持或参与管理，则可能构成共同犯罪，面临起诉。

3. 司法实践中的考量因素：

   • 社会危害性：司法机关在决定是否起诉时，会综合考虑犯罪行为的社会危害性。开设赌场罪不仅破坏社会管理秩序，还可能引发其他犯罪（如诈骗、抢劫等）。因此，即使违法所得数额较小，若赌场规模较大、参与人数众多或造成严重社会影响，仍可能被起诉。
   • 刑事政策导向：当前刑事政策强调对赌博犯罪的严厉打击。因此，在涉及多人共同犯罪的开设赌场案件中，司法机关可能更倾向于对所有参与者进行起诉，以维护社会秩序和公共利益。

4. 法律建议：

   • 对于股东而言：若涉及开设赌场罪，无论违法所得数额大小，都应积极配合司法机关调查，如实陈述事实，争取从轻处理。同时，可寻求专业律师的帮助，了解自身权利义务，制定合适的辩护策略。
   • 对于案件处理：司法机关在处理此类案件时，应严格遵循法律规定和刑事政策导向，确保案件处理的公正性和合理性。对于违法所得数额较小但参与程度较低的股东，可考虑适用缓刑、罚金等较轻的处罚措施。

总结与进一步思考：开设赌场罪涉及股东众多时，违法所得数额并非决定是否起诉的唯一因素。司法机关需综合考虑犯罪事实、证据情况、社会危害性及刑事政策导向等多方面因素进行判断。因此，对于涉及此类案件的股东而言，了解自身权利义务、积极配合调查并寻求专业法律帮助至关重要。若您或您身边的人涉及此类法律问题，可直接向我咨询，我将根据具体情况提供详细的法律分析和建议。