1. 结论概述：工厂五一劳动节只放两天假是否违法，需结合工厂的工时制度、调休安排以及加班补偿情况综合判断。若工厂在五一劳动节仅放两天假，但其中包含了法定假日（5月1日、2日）且未安排额外加班或已依法支付加班费，则不违法；若未包含法定假日或未支付加班费，则可能违法。

2. 法定节假日与放假规定：

   • 根据《全国年节及纪念日放假办法（2024）》第二条，劳动节全体公民放假时间为5月1日、2日两天。这是法律对劳动节放假的明确规定，工厂作为用人单位必须遵守。

3. 工时制度与调休安排的影响：

   • 标准工时制：若工厂实行标准工时制，且五一劳动节仅放两天假（假设包含5月1日、2日），且未安排员工在其他时间加班，则符合法律规定。若工厂通过调休方式，如将五一前后的周末进行调换，确保员工在五一所在周有连休，并总休息天数满足每周至少休息一日的规定，同时支付正常工资，也不违法。但若工厂在五一法定假日外还要求员工加班且未支付加班费，则构成违法。
   • 不定时工作制与综合计算工时工作制：对于不定时工作制的员工，虽无加班工资问题，但用人单位需保障其在法定节假日的休息权利。若五一法定假日当天不放假且无特殊合法理由，可能侵犯员工权益。综合计算工时工作制的员工，在综合计算周期内总实际工作时间不应超过法定标准。若五一法定假日仅放假两天（包含法定假日），且在综合计算周期内总工时合规，同时法定节假日上班支付了不低于工资300%的报酬，则不违法；但若未补足法定假日天数或未支付加班费，则构成违法。

4. 加班与补偿：

   • 无论何种工时制度，若工厂在五一法定假日外安排员工加班，均需按照《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定支付加班费。具体来说，法定休假日加班应支付不低于工资的300%的报酬；休息日加班不能安排补休的，应支付不低于工资的200%的报酬。若工厂未支付加班费，则构成违法。

5. 员工权益保护：

   • 若员工认为工厂的放假安排侵犯了其合法权益，首先应与用人单位沟通协商，要求说明放假安排的依据，并要求支付加班费或安排补休。
   • 若协商无果，员工可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自身权益。劳动监察部门有权对工厂的违法行为进行调查并责令改正；劳动仲裁委员会则可根据双方提供的证据进行裁决，保障员工的合法权益。

总结：工厂五一劳动节只放两天假是否违法，需结合具体情况判断。关键在于工厂是否遵守了相关法律法规关于法定节假日放假、调休以及加班工资支付的规定。员工应了解自己的权益，并在遇到违法行为时积极采取措施进行维权。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。