房租逾期千分之三的违约金约定是否合法，需结合具体情况分析，但通常在合理范围内是合法的。以下从多个角度为你详细解释：
一、合法性基础
意思自治原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。这是民事合同中意思自治原则的体现，即双方有权在平等、自愿的基础上协商确定合同条款。
违约金调整规则：
- 虽然法律未对租房合同中的违约金比例设定明确上限，但依据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条的规定，如果约定的违约金过分高于造成的损失，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。这意味着，即使合同中约定了千分之三的违约金，如果这一比例被认定为过高，法院或仲裁机构也有权进行调整。
二、合理性判断
违约金的目的：
- 违约金的约定应当合理，旨在督促承租方按时履行支付租金的义务，同时不能给违约方造成不合理的经济负担。千分之三的违约金比例是否合理，需结合合同的实际履行情况、违约可能造成的损失等因素综合判断。
实际损失考量：
- 如果千分之三的违约金比例明显高于出租方因承租方逾期支付租金而遭受的实际损失，那么这一比例可能被视为过高，法院或仲裁机构在处理相关纠纷时可能会进行调整。
三、实际操作建议
明确约定：
- 在租房合同中，应明确约定逾期支付租金的违约金比例，并确保该约定不违反法律、行政法规的强制性规定。同时，双方应充分了解并同意这一约定，以避免后续纠纷。
证据保留：
- 出租方应妥善保管承租方逾期支付租金的记录等证据，以便在主张违约金时提供证明。这些证据将有助于法院或仲裁机构判断违约金的合理性。
争议解决：
- 若双方对违约金的约定存在争议，应首先通过协商解决；协商不成的，可以向法院提起诉讼或申请仲裁，由法院或仲裁机构根据具体情况作出裁决。
四、特殊情况与地区差异
- 地区性规定：部分地区可能对租房合同中的违约金标准有特别规定，如设有上限或下限。在签订合同时，应了解并遵守当地的相关规定，以确保约定的合法性和有效性。
举例说明：假设某租房合同中约定，承租方逾期支付租金，需按逾期金额的千分之三支付违约金。如果承租方逾期支付了1000元租金，那么根据约定，承租方需支付3元的违约金。这一比例在合理范围内，且未违反法律法规的强制性规定，因此是合法的。但如果逾期金额较大，如10万元，那么千分之三的违约金比例将导致承租方需支付300元的违约金，这一金额是否合理则需结合出租方的实际损失等因素进行综合判断。
综上所述，房租逾期千分之三的违约金约定在合理范围内是合法的，但具体是否合法还需结合合同的实际履行情况、违约可能造成的损失以及当地的相关规定等因素进行综合判断。如果你对此有进一步疑问或需要更具体的法律建议，可以直接向我咨询。