企业违法行为在检查时已整改，仍然可能面临处罚，但具体是否处罚及处罚的轻重会因多种因素而异。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律原则与规定
违法行为与处罚的对应性：
- 根据相关法律法规，企业一旦实施违法行为，即应承担相应的法律责任。整改行为虽然体现了企业的积极态度，但并不能完全消除其违法行为的法律后果。
处罚的裁量权：
- 行政机关在行使处罚权时，会综合考虑违法行为的性质、情节、后果以及企业的整改情况等因素。如果企业能够及时、有效地整改，行政机关可能会在处罚时予以从轻或减轻处罚。
二、具体处罚情况分析
已构成违法事实：
- 如果企业的违法行为已经构成违法事实，即使检查时已整改，行政机关仍可能依法对其进行处罚。例如，企业排放污染物超标，即使后续采取了整改措施，但因其已对环境造成了损害，仍可能面临罚款等处罚。
整改效果与处罚的关系：
- 整改效果是行政机关考虑处罚轻重的重要因素之一。如果企业整改彻底、有效，且能够证明其已采取措施防止类似违法行为再次发生，行政机关可能会在处罚时予以从轻或减轻。反之，如果整改不彻底或存在敷衍了事的情况，行政机关则可能依法予以重罚。
特定领域的处罚规定：
- 在某些特定领域，如食品安全、环境保护等，法律法规可能对违法行为有更为严格的处罚规定。即使企业已整改，但因其违法行为可能对公众健康或环境造成严重危害，行政机关仍可能依法予以严厉处罚。
三、法律建议与风险提示
积极配合调查与整改：
- 企业应积极配合行政机关的调查工作，如实提供相关证据和资料。同时，应尽快采取有效措施进行整改，以减轻或避免法律责任。
了解并遵守相关法律法规：
- 企业应加强对相关法律法规的学习和了解，确保自身经营活动符合法律要求。避免因不了解法律而实施违法行为，从而面临不必要的法律风险。
寻求专业法律帮助：
- 如果企业面临行政处罚或法律纠纷，应及时寻求专业律师的帮助。律师可以为企业提供法律咨询、代理申诉或辩护等服务，帮助企业维护自身合法权益。
举例说明：假设某企业因未按规定排放废水而被环保部门查处。在检查时，企业已立即停止违法行为并采取了整改措施。然而，由于该企业已对环境造成了损害，且其违法行为违反了相关法律法规的规定，环保部门仍可能依法对其进行罚款等处罚。但考虑到企业已及时整改且态度积极，环保部门可能会在处罚时予以从轻或减轻。
总之，企业违法行为在检查时已整改并不意味着可以完全免除处罚。企业应积极配合调查与整改工作，了解并遵守相关法律法规，以降低法律风险。如有任何法律问题或疑虑，请直接向我咨询。