工厂企业被责令整改时处理违法行为，核心在于立即停止违法行为、全面配合整改要求、主动消除违法后果，并通过合法程序争取从轻或免除处罚。以下是具体处理步骤和法律要点：

1. 立即停止违法行为，避免扩大损失

• 法律依据：根据《行政处罚法》第二十八条，行政机关责令改正违法行为时，当事人应立即停止违法行为。若继续实施违法行为，可能面临更严厉的处罚（如按日连续处罚、加重罚款等）。
• 操作建议：
  • 工厂应第一时间召开内部会议，明确整改责任部门和人员；
  • 暂停与违法行为相关的生产、经营或排放行为（如超标排污、未批先建等）；
  • 保留停止违法行为的证据（如停产通知、设备关闭记录等），以备后续行政复议或诉讼使用。

2. 全面配合行政机关的整改要求

• 法律依据：根据《环境保护法》第六十条、《安全生产法》第六十五条等，企业有义务配合行政机关的调查和整改要求，包括提供资料、接受检查、限期整改等。
• 操作建议：
  • 仔细阅读《责令整改通知书》，明确整改期限、整改内容和验收标准；
  • 制定详细的整改方案（如升级环保设备、完善安全管理制度等），并报行政机关备案；
  • 主动与行政机关沟通，争取延长整改期限或分阶段整改（如因技术或资金困难需延期时）。

3. 主动消除违法后果，争取从轻或免除处罚

• 法律依据：根据《行政处罚法》第三十二条，当事人主动消除或减轻违法行为危害后果的，行政机关应依法从轻或减轻处罚；违法行为轻微并及时改正，没有造成危害后果的，不予行政处罚。
• 操作建议：
  • 对已造成的环境污染、安全隐患等，立即采取补救措施（如清理污染物、修复设备等）；
  • 委托第三方机构出具检测报告或评估报告，证明违法后果已消除或减轻；
  • 在整改报告中重点说明“主动消除后果”的情节，并附相关证据。

4. 通过合法程序维护权益（如对整改要求有异议时）

• 法律依据：根据《行政复议法》第六条、《行政诉讼法》第十二条，企业对行政机关的整改要求或处罚决定不服的，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。
• 操作建议：
  • 若认为整改要求不合理（如期限过短、内容超出法定范围），可在收到通知书后60日内申请行政复议，或6个月内直接起诉；
  • 准备反驳证据（如法律条文、同类案例、技术可行性证明等），证明行政机关的要求违法或不当；
  • 避免直接拒绝整改或对抗执法，否则可能面临“拒不执行整改决定”的加重处罚（如按日连续处罚、查封扣押等）。

5. 长期合规：建立预防机制，避免再次违法

• 法律依据：根据《公司法》第五条、《环境保护法》第四十二条等，企业有义务遵守法律法规，建立合规管理体系。
• 操作建议：
  • 定期开展法律风险排查（如环保、安全、税务等领域）；
  • 对员工进行合规培训，明确违法行为的法律后果；
  • 聘请法律顾问或合规专员，协助制定和执行合规制度。

总结：工厂企业被责令整改时，应“立即停、配合改、消后果、维权益、防再犯”，通过合法、主动的方式处理违法行为，既能降低行政处罚风险，也能避免因对抗执法导致更严重的法律后果。如有具体案件或细节需要进一步分析，可直接向我咨询。