项目已整改完工，是否还能进行行政处罚，取决于具体的法律规定和行政执法的实际情况。以下是对这一问题的详细分析：
观察期制度的影响：
- 在某些地区，如广州市生态环境局花都分局的实践中，对于在执法观察期内完成整改的企业，可以不予行政处罚，而是予以行政处理。这意味着，如果在规定的观察期内，企业能够积极整改并消除违法行为的危害后果，那么行政机关可能会选择不进行行政处罚。
法律规定的差异：
- 需要注意的是，不同地区的行政执法实践可能存在差异，且具体的法律规定也可能有所不同。因此，是否能否进行行政处罚，还需要根据当地的法律法规和具体政策来判断。
行政处罚的裁量权：
- 行政机关在决定是否进行行政处罚时，通常会考虑多种因素，包括违法行为的性质、情节、社会危害程度以及当事人的整改态度等。如果当事人已经积极整改并消除了违法行为的危害后果，那么行政机关在裁量时可能会倾向于不予行政处罚。
建议与咨询：
- 如果你或你的企业面临类似的情况，建议积极与行政机关沟通，了解具体的政策规定和执法实践。同时，也可以咨询专业的律师，以便更准确地了解自身的法律风险和应对策略。
综上所述，项目已整改完工后是否还能进行行政处罚，并没有一个统一的答案。它取决于具体的法律规定、行政执法的实际情况以及当事人的整改态度等多种因素。因此，在面对类似问题时，建议积极寻求专业法律帮助，以便更好地维护自身的合法权益。