结论：员工丢失地铁门禁卡要求赔偿5000元是否合理，需结合具体情况判断，包括门禁卡的实际价值、公司规章制度、员工过错程度以及双方签订的劳动合同或相关协议中的约定。
分析：
门禁卡的实际价值：
- 首先，需要确定门禁卡的实际成本，包括制作费用、可能包含的特殊技术或安全功能费用等。如果门禁卡本身价值不高，那么要求赔偿5000元显然不合理。
- 如果门禁卡具有特殊功能，如与公司的安全系统紧密相连，且重新制作或配置需要高昂费用，那么赔偿金额可能会相应提高。但即便如此，也需要有合理的依据来支持这一赔偿金额。
公司规章制度：
- 公司应制定明确的规章制度，规定员工丢失门禁卡等物品时的赔偿责任。如果规章制度中明确规定了赔偿金额或赔偿方式，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么员工应按照规章制度进行赔偿。
- 但如果规章制度中的赔偿条款显失公平或违法，员工有权拒绝执行，并可以通过法律途径维护自己的权益。
员工过错程度：
- 员工丢失门禁卡是否由于故意或重大过失导致，也是判断赔偿金额是否合理的重要因素。如果员工是故意丢失或由于严重疏忽导致丢失，那么公司可能要求员工承担更高的赔偿责任。
- 如果员工只是轻微疏忽或无法预见的情况下丢失门禁卡，那么赔偿金额应相对较低。
劳动合同或相关协议中的约定：
- 双方签订的劳动合同或相关协议中可能包含关于员工丢失公司物品时的赔偿责任条款。如果协议中有明确约定，且该约定合法有效，那么员工应按照协议进行赔偿。
- 但如果协议中的赔偿条款存在不公平、不合理或违法的情况，员工同样有权拒绝执行。
法律建议：
- 对于员工而言，如果公司要求赔偿的金额过高或不合理，可以与公司进行协商，寻求合理的解决方案。如果协商无果，可以向劳动争议调解委员会申请调解，或者向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
- 对于公司而言，应制定合理的规章制度和劳动合同条款，明确员工丢失公司物品时的赔偿责任。同时，在要求员工赔偿时，应提供合理的依据和证据，避免过度索赔或违法索赔。
可能后果：
- 如果员工拒绝支付不合理的赔偿金额，公司可能会采取法律手段追讨。但在此过程中，公司需要证明其索赔的合理性和合法性。
- 如果员工认为公司的索赔行为违法或不合理，可以通过法律途径维护自己的权益，如申请劳动仲裁或提起诉讼等。
示例：
假设门禁卡的实际成本为100元，公司规章制度中规定员工丢失门禁卡需赔偿实际成本的10倍（即1000元），但公司却要求员工赔偿5000元。在这种情况下，员工可以拒绝支付过高的赔偿金额，并与公司进行协商或寻求法律帮助。如果公司无法提供合理的依据来支持其索赔金额，那么员工有权拒绝支付。