员工犯错给公司造成5000元损失，赔偿1000元是否合理，需根据具体情况分析。

首先，我们需要明确的是，员工因工作失误给公司造成损失，公司有权要求员工赔偿，但赔偿的具体数额应依据实际情况进行合理确定。

1. 赔偿责任的法律依据：

   • 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。
   • 赔偿数额的确定应遵循公平、合理的原则，考虑员工的过错程度、损失大小、员工的经济承受能力等因素。

2. 赔偿数额的合理性分析：

   • 在本题中，员工给公司造成了5000元的损失，而公司要求员工赔偿1000元。这一赔偿数额是否合理，需要综合考虑员工的过错程度、薪资水平、损失的可预见性等因素。
   • 如果员工的过错较小，且其薪资水平较低，那么要求赔偿1000元可能是合理的。因为过高的赔偿可能会给员工造成过大的经济负担，不符合公平原则。
   • 如果员工的过错较大，或者损失是可预见的且员工有责任避免，那么公司可能有权要求更高的赔偿。

3. 建议与注意事项：

   • 在确定赔偿数额时，建议公司与员工进行协商，充分考虑员工的实际情况和赔偿能力。
   • 如果双方无法达成一致，公司可以依法通过法律途径解决争议。
   • 同时，公司也应加强内部管理，完善规章制度，明确员工的职责和权限，以减少因员工失误造成的损失。

综上所述，员工犯错给公司造成5000元损失，赔偿1000元是否合理需根据具体情况分析。在确定赔偿数额时，应遵循公平、合理的原则，并充分考虑员工的实际情况和赔偿能力。如果双方无法达成一致，可以依法通过法律途径解决争议。