关于“门店有房产证是否可以回购以及是否合法”的问题，结论如下：

1. 门店有房产证并不直接决定其是否可以回购

   • 房产证是证明房屋所有权归属的法定凭证，拥有房产证意味着对门店拥有合法的所有权。然而，是否可以回购门店，并非仅由房产证决定，而是需要综合考虑多个因素，如回购协议的具体内容、回购方的资质和意愿、原出售方的同意等。
   • 如果门店原本就是通过购买方式获得，且现在出售方（或原出售方）同意回购，同时双方能够就回购价格、支付方式等条款达成一致，并签订回购协议，那么回购是可行的。

2. 门店回购的合法性取决于多个法律要素

   • 合同自由原则：在民事法律关系中，合同自由是一项基本原则。只要双方意思表示真实，不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，就可以签订回购协议。
   • 产权清晰：回购前，必须确保门店的产权清晰，不存在任何权属纠纷或抵押、查封等限制交易的情况。否则，回购协议可能因产权问题而无效或无法履行。
   • 合法程序：回购过程应遵循相关法律法规的规定，如办理产权过户手续、缴纳相关税费等。如果未按照法定程序进行，可能导致回购行为无效或面临法律风险。

3. 实际操作中的注意事项

   • 尽职调查：在回购前，应对门店进行全面的尽职调查，包括产权状况、使用状况、是否存在纠纷等。这有助于降低回购风险，确保回购行为的合法性和有效性。
   • 协议条款：回购协议应明确约定回购价格、支付方式、产权过户时间、违约责任等关键条款。这些条款应具体、明确，以避免未来可能出现的纠纷。
   • 法律咨询：由于回购涉及复杂的法律关系和财产权益变动，建议在回购前咨询专业律师的意见。律师可以提供法律上的指导和建议，帮助规避法律风险，确保回购行为的合法性和安全性。

总结与建议：门店有房产证并不直接决定其是否可以回购以及回购的合法性。回购的可行性和合法性取决于多个因素，包括回购协议的具体内容、产权状况、合法程序等。因此，在考虑回购门店时，建议进行全面的尽职调查，明确协议条款，并咨询专业律师的意见。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。