结论：卖房协议中房屋虽登记在儿子名下，但该房屋是否属于父亲遗产，需根据具体情况判断，主要看房屋的实际权属以及父亲生前的意愿和具体行为。以下从不同角度进行分析：
一、房屋实际权属角度
若房屋实际为父亲所有，仅登记在儿子名下：
- 在这种情况下，如果父亲在生前并未将房屋的所有权真正转移给儿子（例如，没有办理过户手续，或者过户是基于某种特定目的如避税、方便管理等，且双方有书面或口头协议表明房屋仍归父亲所有），那么该房屋在法律上仍应视为父亲的财产。
- 父亲去世后，该房屋将作为其遗产，按照法定继承或遗嘱继承的方式进行处理。
若房屋已实际转移给儿子，登记在儿子名下：
- 如果父亲在生前已经通过合法的方式（如赠与、买卖等）将房屋的所有权转移给了儿子，并且办理了相应的过户手续，那么该房屋在法律上就属于儿子的财产。
- 父亲去世后，该房屋将不再作为其遗产进行处理，而是属于儿子的个人财产。
二、父亲生前意愿和行为角度
父亲有明确遗嘱：
- 如果父亲在生前留下了明确的遗嘱，指定了房屋的继承人，那么无论房屋登记在谁的名下，都应按照遗嘱的内容进行处理。
- 但需要注意的是，遗嘱必须合法有效，且遗嘱的内容不能违反法律法规的强制性规定。
父亲无明确遗嘱，但生前有相关行为或表示：
- 如果父亲在生前没有留下遗嘱，但有一些行为或表示可以表明其对房屋的处理意愿（例如，与儿子签订了关于房屋归属的协议，或者在日常交流中表达了将房屋留给某个子女的意愿等），那么这些行为或表示也可以作为判断房屋是否属于父亲遗产的参考。
- 但这种情况下，由于缺乏明确的法律文件支持，可能会引发家庭内部的争议和纠纷。
三、特殊情况考虑
- 如果房屋是父亲和儿子共同共有：那么父亲去世后，其份额将作为遗产进行处理，儿子则继承其应有的份额。
- 如果存在其他继承人或债权人：在处理父亲遗产时，还需要考虑其他继承人的权益以及父亲生前的债务情况。如果父亲生前有债务未清偿，那么其遗产可能需要先用于清偿债务，剩余部分再按照法定继承或遗嘱继承的方式进行处理。
建议：由于房屋权属和遗产处理问题涉及复杂的法律关系和事实认定，建议在处理此类问题时咨询专业律师（即向我咨询），以便根据具体情况制定合适的解决方案。同时，也建议家庭成员之间加强沟通和协商，尽量通过和平、理性的方式解决争议和纠纷。